嘉庆五年（1800年），随着教匪势力在四川的增长，尤其是冉天元的队伍不断壮大，他们趁着魁伦刚刚接手事务之际，强行渡过了嘉陵江，造成了朱射斗战死的严重后果。不久之后，潼河防线也被突破，整个四川地区陷入了动荡之中。面对这一紧急情况，朝廷下达了逮捕魁伦的命令，并重新调整了指挥体系，命令勒保与德楞泰共同负责四川的剿匪工作，而额勒登保和那彦成则专注于陕西地区的战斗。
此时，那彦成已经在陇山和伏羌地区击败了南山的残余教匪，德楞泰也在成县追击王廷诏和杨开甲。额勒登保抵达陕西后，决定让德楞泰返回川西，自己则与那彦成分工合作，分别封锁教匪进入四川和向北逃窜的道路。在这一阶段，杨遇春和穆克登布在岷州击败了张天伦，而庆成等人则在洮河战胜了张世龙。王廷诏和杨开甲联手进攻大营，但被成功击退，官军随即分兵追击。主力部队转向高天升和马学礼进行打击，连续取得胜利。教匪越过渭河北逃，额勒登保在巩昌和岷州分别拦截了他们的去路，迫使他们重新回到了渭河南岸。张世龙等人则转向秦州，意图通过北栈道。
为了应对这一局势，额勒登保留下了那彦成追击高天升和马学礼，自己则率领杨遇春和岱森保返回陕西，并命令王文雄及索费英阿等将领分别扼守南北栈道。在此之前，张汉潮已被明亮消灭，但其残余力量仍在陕西活动，并重新集结了力量。张世龙和张天伦被官军驱赶至滇安，集中在汉北山区，向东蔓延至商州和洛南，使得局势再度紧张。朝廷对此严厉问责，并召回了那彦成。
闰四月，额勒登保率杨遇春在商州、洛南及两岔河地区接连击败了教匪，并命令杨遇春扼守龙驹寨，防止教匪侵入河南。教匪被迫回窜，并留下后卫部队牵制官军。官军在洵阳大、小、中溪连续突破了教匪防线，并在溪口设伏，共擒斩三千余名教匪，其中包括蓝号头目刘允恭和刘开玉。至此，张汉潮的残余势力基本被肃清，额勒登保因此被晋封为三等子爵。
然而，杨开甲、辛聪、张世龙、张天伦、伍金柱、戴仕杰等人仍然向西逃窜。五月，额勒登保命令杨遇春等将领在汉阴手扳崖追击伍金柱，并在战斗中击毙了庞洪胜等头目。接着，官军在洋县茅坪进攻杨开甲等人的部队。教匪据守山顶，企图诱