使官军出击，但遭到了伏击，最终杨开甲被当场斩首。
六月，教匪窜入甘肃徽县和两当县，其中蓝号头目陈杰试图偷越栈道，但被成功抓获。八月，杨遇春在成县斩杀了伍金柱，并在两当县击毙了宋麻子，教匪再次回窜至陕西境内。额勒登保在奏折中陈述了教匪行踪不定、时分时合的特点，并指出官军在追击过程中容易受到牵制，稍有不慎便可能落入圈套。他还提出了增加剿匪兵力、利用乡勇进行防御，并督促各地加快修筑寨堡以阻止 教 匪 掳掠的建议。皇帝对此给予了慰勉，并明确了剿捕和防堵的责任分配。在教匪逼近武关时，额勒登保及时截击，迫使他们撤退。
五、战功赫赫
嘉庆六年（1801年），额勒登保继续在陕西和四川一带指挥作战，以剿灭教匪为主要任务。这一年春天，他上奏朝廷建议设立宁陕镇作为南山地区的屏障，这一提议得到了批准并得以实施。宁陕镇的设立对于稳固南山防线起到了关键作用。
二月份，额勒登保的部下杨遇春在川陕交界的鞍子沟成功擒获了王廷诏，并在宁羌的龙洞溪捉拿了高天德和马学礼三位顽固分子。这三位教匪头目都是极其凶悍的角色，他们的落网极大地震慑了其他教匪。为此，朝廷特别晋升额勒登保为二等子，并恢复了他双眼花翎的荣誉。
当时，仍然活跃在各地的主要教匪头目还包括陕西的冉学胜和伍怀志、湖北的徐天德和苟文明，以及四川的樊人杰、冉天泗和王士虎等。四月份，额勒登保在渭河南岸对冉学胜展开追剿，并将其逼入汉南地区，迫使他逃往平利。与此同时，张天伦集结了五路教匪屯集于洵阳的高塘岭和刘家河，额勒登保命令杨遇春出击，成功将这股势力击溃。
五月，穆克登布在秦岭成功擒获了伍怀志。到了七月，杨遇春在通江的报晓垭擒获了冉天泗和王士虎。而徐天德和冉学胜则被其他部队歼灭。然而，新的威胁随之而来，姚之富的儿子姚馨佐以及白号的高见奇、辛斗等人开始在宁羌地区作乱。额勒登保指挥各路将领进行追剿，将这些 教 匪 逼入了川北地区。
九月份，总兵杨芳等人在通江捉拿了辛斗。到了十月，丰伸和桑吉斯塔尔在达州擒获了高见奇。随着李元受和老教首阎天明等教匪头目的相继投降，教匪的