势力进一步衰落。额勒登保向朝廷呈上了详细的搜捕事宜报告，得到了高度肯定，并被晋封为三等伯。
然而，教匪并未完全消失。十一月，苟文明集合了各路残匪窜入阶州，并再次裹挟了不少民众加入，然后回窜至广元和通江。额勒登保迅速反应，在十二月份的瓦山溪之战中击败了苟文明的部队，迫使苟文明逃往开县的大宁地区。
六、克敌制胜
嘉庆七年（1802年），额勒登保继续在陕西和四川地区指挥剿匪作战。正月，他成功斩杀了黄号的辛聪于南江。然而，苟文明却趁机从西乡偷渡汉江，这使得额勒登保感到责任重大，主动请求惩罚，最终被降为一等男爵。但是，朝廷考虑到四川的教匪主要由德楞泰和勒保负责，因此决定让额勒登保兼任西安将军，继续专注于陕西的教匪问题。
二月份，苟文明逃入南山，并与宋应伏、刘永受等人汇合。额勒登保亲自督师深入南山，指挥军队进行搜剿。在六月份的龚家湾战役中，额勒登保成功地消灭了大部分教匪，苟文明仅以身逃过一劫，而刘永受则在逃窜过程中被乡民歼灭。紧接着，在七月，额勒登保在宁陕的花石岩再次发动攻势，最终击毙了苟文明。因这一系列的胜利，额勒登保被晋封为一等伯。
随着战局的推进，额勒登保意识到战事即将结束，于是向朝廷上书，建议撤回来自东三省、直隶和两广地区的部队，并根据实际情况遣散或留下部分乡勇。之后，他继续在南山地区穷搜残余教匪。到了八月份，额勒登保成功擒获了苟文齐，并击毙了张芳。随后，他前往平利与德楞泰会合，共同剿灭了来自湖北的教匪。在五次战斗中，擒获和斩杀了超过一半的教匪。
十月份，额勒登保在达州击毙了青号的熊方青，并彻底消灭了竹溪地区的教匪势力。到了十一月份，额勒登保命令穆克登布追击教匪至通江的铁镫台，并成功擒获了景英、蒲添香、赖大祥以及湖北的老教首崔连乐。因这一系列胜利，额勒登保被晋封为三等侯。
随着主要教匪头目的相继落网，剩余的零星教匪四处逃窜，躲进了深山老林之中。到了十二月份，额勒登保向朝廷报告了剿匪工作的完成情况。嘉庆帝高度赞扬了额勒登保：“在筹划和决策方面，他总是能够抓住要害，亲自参与战斗，与