奔巴掣签制”，有效遏制了大农奴主对宗教领袖转世的操纵，并对西藏的政治、宗教、司法及外交制度进行全面改革，进一步加强了对西藏的直接管辖，确保了边疆地区的长期稳定与繁荣。朱射斗因战功卓着，先后被调任福建福宁镇、川北镇总兵
四、镇压起义
乾隆六十年（1795年），朱射斗率领部队回到贵州，参与云贵总督福康安指挥的镇压黔湘苗民起义的军事行动。这次起义是由苗族人民不满清政府统治而发起的，给地方造成了严重的动荡。朱射斗凭借其丰富的作战经验和坚定的意志，在此次行动中表现出色。
嘉庆元年（1796年），在镇压起义的过程中，朱射斗成功击杀了义军首领石柳邓，这是苗民起义中一个重要的转折点。石柳邓是贵州松桃人，其死亡大大削弱了起义军的战斗力。为了表彰朱射斗在此役中的杰出贡献，嘉庆皇帝颙琰特赐予他“干勇巴图鲁”的称号，这不仅是对他英勇行为的认可，也是对其军事才能的肯定。
到了嘉庆四年（1799年），朱射斗虽已年逾七十五岁，但他依然活跃在战场上。这一年，他因病前往夔州（今重庆奉节市）就医。即便是在病榻之上，朱射斗依然接受了提督（从一品）的任命，参与到四川总督魁伦领导的镇压川、楚、陕流民大起义的行动之中。
嘉庆五年（1800年），在起义军领袖冉天元的带领下，起义军计划从定远渡过嘉陵江，进入川西地区继续斗争。朱射斗得知消息后，立即率领三千兵马追击至蓬溪高院场。然而，在这场战斗中，起义军人数众多，达到了八千之众，朱射斗的部队被重重包围。在激烈的战斗中，朱射斗不慎坠马，但他仍旧英勇奋战，亲手斩杀了十多名敌人，最终壮烈牺牲，享年七十六岁。
朱射斗的牺牲让嘉庆皇帝感到极大的悲痛，他下令按照提督的标准给予追恤，并赐予朱射斗“二等轻车都尉”的世袭爵位。同时，朱射斗还被追赠“勇烈”的谥号，以表彰其一生的忠诚与英勇。他的儿子朱树继承了父亲的遗志，被授予户部主事的职位，并最终官至河南巡抚、漕运总督。
与此相反，曾与朱射斗共同作战却在关键时刻拥兵不前、导致朱射斗孤军奋战的四川总督魁伦，则因为未能履行职责，导致起义军进入川西，