一、早年仕途
孙士毅的早年仕途充满了曲折与机遇。乾隆二十六年（1761年），他通过科举考试，成为一名进士，开始了他的官宦生涯。起初，孙士毅以知县的身份等待授官，然而他的才华很快就引起了皇帝的注意。第二年，即乾隆二十七年（1762年），乾隆帝南巡期间，特别召见孙士毅并让他参加考试。这次机会对孙士毅来说至关重要，因为他凭借优异的表现被授予内阁中书一职，并且很快又升迁为军机章京，随后又被提拔为侍读。这一系列快速的晋升，显示了孙士毅不仅具备出色的行政能力，而且在学术上也有很高的造诣。
乾隆三十四年（1769年），当大学士傅恒率领大军远征缅甸时，孙士毅因其出色的文书处理能力和对政务的深刻理解，被委派掌管章奏，负责处理前线与朝廷之间的文书往来。战争结束后，由于他在军中的出色表现，孙士毅得到了应有的表彰，先是被任命为户部郎中，不久之后又晋升为大理寺少卿。这个时期，孙士毅的职业生涯达到了一个小高峰，他不仅在中央政府中担任重要职位，而且还被派遣到地方任职，担任广西布政使，随后更是被提拔为云南巡抚。
然而，好景不长。乾隆四十五年（1780年），云贵总督李侍尧因贪污腐败被揭发罢官，孙士毅因未能及时检举李侍尧的不法行为而受到牵连，导致他被解除了云南巡抚的职务，并被发配至伊犁，家产也被抄没，生活陷入困顿。这段经历对孙士毅来说是一次沉重的打击，但他并没有因此而放弃自己的信念和追求。
幸运的是，乾隆帝后来认识到孙士毅为官清廉，并对其过往的贡献给予了肯定。为了弥补之前的错误，乾隆帝决定给予孙士毅新的机会，任命他为《四库全书》的编纂者之一，并授予他翰林院编修的职位。在编纂《四库全书》的过程中，孙士毅展现出了极大的敬业精神和学问深度。书成之后，他被提升为太常寺少卿，这标志着他的官职得到了恢复。
之后，孙士毅再次被委以重任，先后担任山东布政使和广西巡抚。当他迁任广东巡抚时，面对广东复杂的治安环境，孙士毅立即向朝廷提出了自己的见解，强调只有保持个人的廉洁，并严格管理下属，才能有效地治理地方。乾隆帝对此表示赞赏，并鼓励他学习前任广东巡