抚李湖那种雷厉风行的作风。
二、总督两广
不久之后，孙士毅被任命为代理两广总督。在这个职位上，他面临着一系列挑战，包括如何提高军队的战斗力和改善地方治理。陕甘总督福康安提出加强军队训练的建议后，乾隆帝命令包括云南、贵州、四川、两广、福建在内的多个省份参照执行。孙士毅积极响应这一号召，向朝廷提议在广东训练水陆士兵共计28,532人，在广西训练士兵11,296人。他主张选拔身体健壮、技艺熟练的人进行训练，并要求各地的督抚提镇切实履行训练职责，同时制定了严格的规章制度来改变长期存在的不良习惯。乾隆帝对于孙士毅的提议表示赞同，认为这些措施可以逐步实施，但必须确保效果。
在担任两广总督期间，孙士毅面对的另一个重大问题是广东地区的民风彪悍和大量未缴纳的赋税。一些地方官员要么向上级报告，要么用自己的私财来填补缺口，但这些方法并没有从根本上解决问题。孙士毅深入调查后，派遣精明能干的官员前往欠税最严重的地区，依据当地的账目进行核查，并将核查到的款项用来偿还那些自掏腰包的官员。这种做法既解决了欠税问题，又保护了基层官员的利益，赢得了乾隆帝的高度评价。
在处理地方治安方面，孙士毅同样表现出色。茭塘地区聚集了许多盗贼，他们不仅反抗官军，还伤害官员。孙士毅果断采取行动，捕获了叛乱头目，并公开处决，以此震慑犯罪分子。乾隆帝对此十分满意，奖励了孙士毅顶戴花翎的荣誉。
此外，孙士毅还处理了前任两广总督富勒浑的仆人贪污事件。他按照法律程序处理了这些违法行为，并促使富勒浑因此被罢官。乾隆帝鉴于孙士毅公正无私的态度，正式任命他为两广总督。面对前任提出的关于广东盐务改革的问题，孙士毅提出了具体的解决方案，包括调整运船数量、恢复原有的税收制度以及逐步恢复部分商埠。这些措施得到了朝廷的认可并得以实施。
乾隆五十二年（1787年），台湾发生了林爽文领导的起义，孙士毅亲自前往潮州指挥防务。在支援平叛的过程中，他不仅派遣部队协助剿灭叛军，还迅速安排了牲畜饲料和武器装备。清廷对孙士毅的贡献给予了高度认可，授予他太子太保的头衔，并赐予他双眼