花翎和一等轻车都尉的世袭职位。
三、用兵安南
乾隆五十三年（1788年），孙士毅因平定台湾林爽文起义的功绩，其画像被悬挂于紫光阁，以表彰他的贡献。同年，安南（今越南北部）发生内乱，国王黎维祁被权臣阮惠驱逐，黎维祁的妻子、母亲及家族成员共二百余人，在几位忠臣的护卫下，逃往广西太平府龙州斗奥隘对岸，寻求援助。孙士毅得知消息后，立即派兵前往龙州，加强对镇南关的防御，并做好随时支援的准备。乾隆帝对此表示赞赏，并命令孙士毅率军自广西进入安南，同时派遣云南提督乌大经从蒙自方向进军支援。
阮惠得知清军即将进入的消息后，立刻派遣军队在寿昌江一带阻击清军。孙士毅率领的大军抵达后，迅速击败了阮惠的抵抗力量，并顺利渡过寿昌江，继续推进至市球江。在此过程中，孙士毅巧妙地运用战术，表面上在市球江下游架设浮桥，制造出要从此处渡江的假象，实际上却秘密派遣总兵张朝龙从上游过江，攻击敌军后方。这一计策使得安南军队陷入混乱，孙士毅随即率军乘筏渡过大江，迫使安南军队仓皇溃退。
随后，孙士毅继续带领清军前进至富良江。这里南岸即是黎城，阮惠集结了所有战舰在南岸防御。孙士毅命令士兵使用木筏渡江，并派遣提督许世亨率二百人于夜间渡江，夺取阮惠的船只。次日清晨，已有两千多清军成功渡江。阮惠的军队慌忙弃船逃跑，张纯率军追击，焚烧敌船，清军顺势攻入黎城，阮惠败走富春。孙士毅迎接黎维祁返回军中，并按照乾隆帝的旨意，正式册封黎维祁为安南国王。孙士毅因此功绩被封为一等谋勇公，并获赐红宝石顶。但他本人谦逊，请求辞去这些荣誉，但未获批准。
然而，好景不长。乾隆五十四年（1789年），阮惠重新集结力量，再度攻打黎城，迫使黎维祁再次逃亡。此时，孙士毅已率军北上，渡过市球江，在江北驻扎。阮惠的军队紧随其后，清军总兵李化龙在断后过程中不幸落水身亡，而浮桥被破坏，导致提督许世亨等人战死。孙士毅被迫退回镇南关，并将黎维祁及其家人安置在南宁。乾隆帝认为孙士毅未能遵循诏令及时撤军，导致了此次失利，遂罢免了他的爵位，并收回了之前授予的红宝石顶和双眼花翎，解除其总督职务，改由福康安接