替。
在这之后，阮惠追击清军至富良江附近。孙士毅意图再次渡江与阮惠决战，但遭到许世亨的劝阻，认为此举有损大清国威。孙士毅最终选择撤军，并上书自我检讨。清廷令他继续驻扎镇南关处理事务。不久，阮惠派遣使者请求归附大清，福康安到达后，与孙士毅一同严厉斥责阮惠的使臣。孙士毅认为黎维祁无力维持统治，建议册封阮惠为安南国王，乾隆帝接受了这一建议。
不久后，孙士毅被召回京师，被任命为兵部尚书，并充任军机大臣，入值南书房。同年冬天，他又被派往四川代行总督职务。然而，一年后，他被免去了总督之职。不久，因两江总督书麟因高邮书吏伪造印章非法收税而被治罪，清廷任命孙士毅接替他，并指示他严肃处理此事。孙士毅在江南地区认真履职，继续为朝廷服务。
四、远征后藏
乾隆五十六年（1791年），孙士毅因在平定台湾林爽文起义和处理安南事务中的杰出表现，被清廷授予吏部尚书、协办大学士的高位。这一年，廓尔喀（今尼泊尔）入侵西藏，威胁到了清廷在西南边疆的稳定。面对这一紧急情况，清廷迅速作出了反应，任命孙士毅暂时代理四川总督一职，负责监督大军的军饷供给。
孙士毅深知此次任务的重要性，他从打箭炉出发，一路向西，驻扎在察木多。在那里，他不仅需要确保军需物资的供应，还要密切关注前方战局的变化。随着清军进入后藏地区，孙士毅亲自前往前藏，亲自监督军饷的运输情况，确保前线将士能够得到充足的后勤支持。由于他在这一过程中表现出色，清廷再次对他进行了表彰，赏赐双眼花翎，以示嘉奖。
次年，即乾隆五十七年（1792年），在孙士毅等人的共同努力下，廓尔喀的入侵被成功平定。为了表彰孙士毅在此战役中的贡献，清廷将他的画像再次悬挂于紫光阁，作为对他的荣誉象征。此外，他还被任命为文渊阁大学士，并兼任礼部尚书。与此同时，孙士毅与福康安、和琳共同驻扎在前藏地区，商讨战后的各项善后事宜，以确保西藏地区的长期稳定。
在此期间，福康安率领金川土司觐见乾隆帝，孙士毅被再次任命为四川总督，继续负责相关事务。不久之后，福康安调任云贵总督，由和琳接替其职务。乾隆帝命令