孙士毅留在四川，处理与廓尔喀战役相关的军需奏销事宜。孙士毅意识到福康安和和琳在前线的重要性，上奏请求允许二人继续留任，但乾隆帝并未批准此请求。
五、剿乱病死
乾隆六十年（1795年），湖南地区爆发了苗族起义，叛乱势力甚至渗透到了四川秀山境内。面对这一紧急情况，孙士毅被委以重任，率军前往当地平叛。他迅速组织兵力，驻守关键地点，有效地遏制了叛军的进一步扩散。孙士毅不仅亲自指挥作战，还采取了一系列措施，加强了地方的治安管控，稳固了局势。
嘉庆元年（1796年），湖北的白莲教起义愈演愈烈，并蔓延至四川的酉阳地区。孙士毅再次临危受命，迅速调整战略部署，将部队转移至来凤地区，积极展开对白莲教叛军的清剿行动。在他的指挥下，清军取得了多次胜利，孙士毅也因此功勋被封为三等男。
在一次战斗中，白莲教叛军退守至茶园溪，连续的暴雨使得叛军放松了警惕。孙士毅敏锐地察觉到这一时机，决定发起夜袭。他精心策划，挑选精锐部队，在深夜时分对叛军营地发起了突袭。清军手持短兵器，勇敢地与叛军展开近身搏斗。千总张超更是身先士卒，手持长矛冲锋在前，一举突破了叛军的防线，斩杀了叛军首领，并追击四十余里，彻底击溃了叛军主力。
尽管取得了这场战斗的胜利，但孙士毅并未放松警惕。他深知叛军可能会再次集结力量，便率军继续追击，直至叛军退至旗鼓寨。孙士毅指挥部队紧随其后，对叛军残部进行围剿。在这一系列战斗中，孙士毅展现出了卓越的军事才能和坚定的决心。
然而，长期的征战与劳累对孙士毅的身体造成了巨大的负担。在嘉庆元年（1796年）六月，孙士毅因病逝世于军中，享年七十七岁。他的去世对清廷来说是一个巨大的损失。孙士毅一生致力于维护国家的统一和社会的安定，尤其是在平叛过程中所展现出的英勇与智慧，赢得了朝廷和百姓的高度赞扬。
清廷为了表彰孙士毅的功绩，追赠他为公爵，并赐予他“文靖”的谥号，以纪念他为国家所做的贡献。
结语
孙士毅不仅在政坛上留下了浓墨重彩的一笔，在文学领域也有着不小的成就。他一生着有《百一山房集》