后，特地下旨嘉奖了他。
十一月，海兰察自笨港开辟道路，与福康安共同救援被围困的嘉义。他们将部队分成五路，沿途搜剿叛军。从仑仔顶到仑仔尾，直至牛稠山，叛军约有一万余人据守溪水。海兰察越过溪流，径直冲上山去，攻克了叛军的堡垒。叛军见势不妙，纷纷逃窜。海兰察率军追击至大排竹，烧毁了叛军囤积的物资。嘉义的围困被解除后，乾隆帝赞赏海兰察身先士卒，勇略过人，并将其晋封为二等超勇公，赐予红宝石顶和四团龙补褂。
十二月，海兰察继续进剿城西的大仑庄和海岸线的叛军，并烧毁了城东兴化店和员林的叛军庄园。他督兵直捣北路，叛军屯驻在中林，异常剽悍，但海兰察冒着枪林弹雨，勇猛冲锋，成功攻克了叛军据点。大埔林、大埔尾等庄的叛军也被击溃。清军收复了斗六门，并抵达水沙连，叛军见势不妙，全部逃离。
海兰察根据叛军的踪迹追击，发现叛军头目刚骑上马准备逃跑，立即射落马下，将其擒获。随后，海兰察进攻大里杙，这里是林爽文起事的中心地带。在战斗中，海兰察歼灭了数十名叛军头目和两百余名党羽。林爽文逃入番社，海兰察率部从内山平砦仔一直追杀至集集埔。叛军寨子前有一条大溪阻隔，海兰察骑马渡过大溪，歼灭了寨中的叛军，并追击了十余里，到达浩淮角。
海兰察继续追剿小半天山寨的叛军，遍历东势角山峰的各个番社，并追至极北的炭窑，捕捉了剩余的叛军。乾隆五十三年（1788年）正月，清军在老衢崎捕获了林爽文，并将其押送至北京。乾隆帝为了表彰海兰察的功绩，解下自己的佩囊赐给了他。
台湾被平定后，乾隆帝赐予海兰察紫缰、金黄辫珊瑚朝珠，并再次将他的画像悬挂于紫光阁中。乾隆帝亲自题写的赞词中提到：“勇弗知书，谋胜智士。匹马弯弓，贼不敢视。欲致活口，射令勿死。进爵锡服，言难尽美。”这段赞词不仅肯定了海兰察的勇猛与智慧，也表达了对其卓越贡献的高度赞赏。
五、保卫后藏
乾隆五十六年（1791年），廓尔喀入侵后藏地区（今西藏日喀则地区），对当地造成了严重的威胁。清廷迅速做出反应，任命福康安为将军，海兰察为参赞大臣，率领巴图鲁侍卫和索伦兵一千多人前往征讨。部队