隆四十六年（1781年），甘肃、青海地区发生了回族和撒拉族的反清起事。面对这场叛乱，乾隆帝任命和珅为钦差大臣，前往兰州平叛。然而，和珅在前往兰州的路上有意拖延，使得海兰察比他提前数日抵达了兰州。和珅虽然身为钦差大臣，但由于缺乏实战经验，又不愿意向经验丰富的将领如海兰察等人请教，导致在战役初期出现了指挥上的失误。
四月初一，乾隆皇帝任命和珅为钦差大臣后不久，和珅便率军兵分四路向退守华林山的新教军发起攻击。然而，除了和珅所率领的一路之外，其他几路清军都取得了不同程度的小胜。和珅所率部队先是取得了一些进展，但随后遭遇了失败，不得不撤退。新教军抓住机会进行了反击，并在夜间对清军进行了袭扰，使得万余清军陷入了进退维谷的困境。
尽管在战斗中，海兰察奋勇当先，大量歼灭了沟中的伏敌，但和珅却将自己指挥失误的责任推到了海兰察的头上。这一行为激怒了海兰察，从此他不再听命于和珅。四月二十一日，阿桂赶到军中，询问失利的原因。和珅再次将失败的原因全部归咎于海兰察等将领。然而，阿桂深知和珅的为人，并不相信他的说法。
次日，阿桂故意让和珅坐在自己身边，一起重新布置战事。在阿桂的指挥下，众将们依旧积极响应。阿桂心中明白和珅是在推卸责任，便严厉地质问和珅：“如果这些将领真的有罪，那么我手中的尚方宝剑应该杀掉谁？”这一问令和珅惊恐万分，“战栗无人色”。
此时，乾隆帝也接到了和珅的奏折，其中诬陷海兰察和额森特不察明敌情而贸然开战，并不听从指挥等。然而，乾隆帝已经意识到和珅并不懂军事，奏折中所反映的情况纯属颠倒是非。于是，乾隆帝下达诏书：“自从阿桂到达军中后，军事安排才有了条理。这件事阿桂一人即可处理，无需再让和珅共同办理。而且担心和珅在军中会导致指挥不统一。海兰察、额森特一向随阿桂作战，阿桂调动他们比和珅更加得心应手。命和珅即刻返回京城，随驾前往热河，将所有事务转交给阿桂，不得延误。”
接到诏书后，和珅只能灰溜溜地返回京城。这次事件加深了和珅对阿桂和海兰察的怨恨，从此与他们结下了不解之仇。
七、晚年
乾隆五十八