一、会剿湖北教匪
嘉庆元年（1796年），正值白莲教起义在湖北等地风起云涌之际，朝廷下令恒瑞率领三千驻防兵，与都统永保共同会剿湖北境内的教匪。三月，恒瑞与总兵文图合力，在竹山地区重创了叛军。随着永保的到来，两军汇合后，由房县出发，向叛军展开了更加猛烈的攻势。与此同时，文图则负责清剿三里坪、喇叭洞一带的残余叛军力量，确保了这些区域的安全。
恒瑞则率部追击逃窜的叛军至保康，但由于种种原因，并未能给予叛军致命打击。此时，叛军头目姚之富占据襄阳，其势力已经达到了鼎盛时期，严重威胁到了当地的治安和社会稳定。鉴于此，朝廷命令恒瑞全力进剿姚之富及其部众。
五月，恒瑞与明亮合作，军队推进到了吕堰地区。在此期间，他们连续在岳家沟、刘家集等地与叛军交战，共擒获并斩杀了两千余名叛军。随后，叛军包围了枣阳，恒瑞设下埋伏，在王家冈引诱叛军进入伏击圈，并一举击败了敌人。紧接着，在蒋家垱、曲家湾两地，恒瑞再次重创叛军，从而解除了枣阳的危机。
然而，狡猾的叛军假装投降，试图从背后偷袭官军。恒瑞立即调整战术，将后方部队调至前方，有效地击退了叛军的进攻。随后，叛军逃往丫儿山，与驻扎在张家垱的叛军相互呼应，形成犄角之势。面对这一局面，恒瑞组织了一昼夜的激战，最终突破了叛军的防线，攻破了十多个敌营，大量消灭了叛军，因此受到了朝廷的表彰。
到了七月，恒瑞在随州龙门山再次击败叛军，并与永保联手攻打钟祥的叛军巢穴。连续攻克了邓家河、黑沙河、双沟等地，迫使叛军分散逃窜。叛军一部分逃向了唐县、吕堰，恒瑞穷追不舍，追至滹沱镇时，叛军又逃往了仓台。不久后，姚之富越过滚河，包围了邓州的景安。面对这一情况，朝廷严厉斥责了各路将领的怠慢，并逮捕了永保，同时要求恒瑞戴罪立功，以挽回局势。
二、西北破贼
嘉庆二年（1797年），恒瑞被派往西北，与惠龄等将领共同镇压襄阳地区的叛军。正月，恒瑞与惠龄联合行动，成功捕获了叛军首领刘起荣。随后，他又与庆成在郑家河击败叛军，并抓获了叛军头目李潮。在泰山寺和龙凤沟的战斗中，恒瑞再次取得胜利，