叫冉文俦的人物勾结起来，开始骚扰仪陇地区。为了防止叛军进一步扩散，恒瑞采取了果断措施，扼守住了磨盘寨，与惠龄等将领联手对叛军进行了围剿。在恒瑞的指挥下，冉文俦被击败，被迫撤退。不久之后，陕西的叛军龙绍周也加入了冉文俦的行列，但在杨家寨的战斗中，恒瑞再次取得了胜利。
到了六月，恒瑞与德楞泰在石人河对高均德发起了夹击，取得了重大战果。随后，恒瑞与惠龄一起进攻老林场的叛军据点，并逐步逼近大神山。高均德和冉文俦凭借地势险要，顽固抵抗，但恒瑞采取了分路进攻的策略，最终迫使叛军撤退至箕山。此时，另一股叛军首领徐天德、樊人杰也在将军富成的追击下，无路可逃，最终也被迫逃入箕山。
在恒瑞的统一指挥下，惠龄和德楞泰从正面进攻，而恒瑞则从背后发起攻击，经过一番激战，叛军的据点被彻底摧毁，叛军遭受了沉重打击，先后被斩杀或俘虏近万人。
在解决了箕山的叛军之后，罗其清、李全、王廷诏等人逃往了大鹏山。恒瑞率部进围，经过数月的努力，终于在十一月攻克了大鹏山，再次沉重打击了叛军的气焰。
然而，就在恒瑞准备继续追击叛军的时候，李全和樊人杰再次逃窜至西乡。对于恒瑞未能及时追击叛军的行为，嘉庆帝表示了严厉的批评，并对其提出了警告。
四、赴宁羌击贼
嘉庆四年（1799年），恒瑞被临时委任为陕甘总督，负责镇压在陕西宁羌地区活动的叛军。彼时，叛军分为“蓝号”和“白号”，其中“蓝号”和“白号”的叛军头目活动频繁，给当地的治安带来了极大的威胁。恒瑞抵达宁羌后，迅速 组 织 了对叛军的攻势。
不久，张应祥等人窜入秦州和两当地区，恒瑞再次展现了他的军事才能，成功击退了叛军。接着，他又对张汉潮和冉学胜领导的叛军进行了打击，迫使他们逃离了战场。
五月，恒瑞卸下了陕甘总督的职务，转而专注于对付“白号”叛军。他率领军队进入与四川龙安接壤的白马关地区，这里地势险要，易守难攻。为了尽快解决叛军，恒瑞派遣将领冒着大雨对叛军进行突袭，迫使叛军逃往西和与礼县。在这一过程中，恒瑞命令布政使广厚和总兵吉兰泰截击叛军，他自己则率军赶往贾