嘉庆六年（1801年），颜检再次获得晋升，担任了河南巡抚，这是对他之前工作中取得成绩的认可。然而，嘉庆帝并没有因此放松对他的考察。到了嘉庆七年（1802年），鉴于颜检在担任直隶藩司以及护理直隶总督期间表现出的认真态度和显着政绩，嘉庆帝决定给予他更大的信任，命其以兵部侍郎的名义署理直隶总督，并在不久之后正式担任这一职务。这一任命不仅彰显了颜检的治理能力，同时也反映了他在处理政务方面的成熟与稳健。
嘉庆九年（1804年）二月，正值京察之际，嘉庆帝对各地官员进行了全面的考核。在此次考核中，颜检因其在直隶总督任内处理地方各项事务时展现出的勤勉与妥当，受到了特别表扬，并由相关部门提出嘉奖建议。这一评价不仅是对颜检个人能力的肯定，也是对其多年来在官场奋斗成果的认可。
三、官场受挫
嘉庆九年（1804年）七月，对于颜检而言，是一个转折点。这一年，直隶束鹿县发生了一起民众斗殴事件，王洪中与张文观因争执而引发肢体冲突，王洪中受伤后向官府提起诉讼。然而，承办此案的官员未能公正处理，反而偏听一面之词，导致王洪中在遭受责罚后愤而自尽。此事经过刑部复审，发现原审官员存在明显过错，而作为总督的颜检则因未亲自过问此案，导致是非混淆，最终被朝廷认定为失职，遭到革职留任的处分。
嘉庆十年（1805年）五月，颜检的处境进一步恶化。易州知州陈渼在任期间，长达八年的时间里，贪污公款高达十余万两银子，而作为直隶总督的颜检，尽管曾经担任过直隶藩司，却未能及时发现并上报这一严重的财务漏洞。这一事件暴露了颜检在监管和查处方面存在的不足，按照当时的律例，本应予以严惩。然而，嘉庆帝念及颜检以往的贡献，特赦其罪，仅将其降为从九品的主事衔，安排其在陵寝吉地工程处效力，并保留其职务以便日后观察其表现。
嘉庆十一年（1806年）九月，随着调查的深入，更多的腐败现象被揭露出来。直隶官场内部，包括官员、幕僚以及长随等人之间相互勾结，肆意侵吞国库资金，而颜检作为长期担任要职的总督，竟对此毫无察觉。这一系列事件彻底动摇了朝廷对颜检的信任，他因失察之罪被革去了顶戴花翎