一、升职
嘉庆七年（1802年），孙玉庭被提拔为广西巡抚，不久后调任广东。当时正值安南（今越南）内乱，国王阮光缵被叛军逼迫，请求进入中国避难。孙玉庭前往广西调查处理此事。不久，叛军首领阮福映击败了阮光缵，并派遣使者向清朝表示臣服，孙玉庭建议接受阮福映的归顺，并提议将安南改名为“越南”，认为这样既符合历史地理，又避免了与中国南方地区名称的混淆，得到了皇帝的认可。
在处理广东海域的海盗问题时，孙玉庭主张加强防范而非一味剿灭，建议增加兵力严密守卫港口，并禁止淡水和粮食出口以限制海盗活动。然而，当时的广东总督那彦成更倾向于招抚政策，这与孙玉庭的观点相左。孙玉庭上书指出，招抚政策实际上是在纵容海盗行为，最终导致那彦成因此事而获罪。
嘉庆十三年（1808年），英国军舰出现在澳门海域，总督吴熊光仅停止了与英方的贸易往来，而没有采取军事行动。对此，皇帝不满其表现，将吴熊光撤职，并调动孙玉庭到贵州任职。随后，新任总督百龄对吴熊光的行为进行了追责，并弹劾孙玉庭未能如实报告情况，结果孙玉庭也被免职，但后来被任命为编修，继续在文颖馆任职。
嘉庆十五年（1810年），孙玉庭被任命为云南巡抚，并代理云贵总督职务，之后又调往浙江任职。到了嘉庆二十年（1815年），英国派遣使节前来，但由于使节不愿按照清朝礼制行跪拜礼，引起了争议。孙玉庭在觐见时提出了自己的看法，认为应当根据外国使节的态度区别对待，对于那些提出不合理要求者应当用大清的法律制度来约束，而对于那些真心归附者则不必苛求他们遵守中国的礼仪制度。
二、治鸦片
这段历史记载了孙玉庭在嘉庆二十一年（1816年）被提升为湖广总督，并不久后调任两江总督期间的事迹。孙玉庭在地方官任上积累了丰富的经验，他的治理风格以安静为主，注重实际效果。在两江地区，他面对漕运、盐务、河务这些重要的政务，由于长期以来的积弊，导致了政务的疲惫不堪。
为了改善这种情况，孙玉庭采取了一系列措施，包括整顿江西、湖北地区的走私问题，通过筹措资金来增加收入，补贴屯田的士兵，减少漕运