钊也提出了反对意见，因此这项改革暂时搁置。
尽管如此，州县官员仍然面临着由于附加费用而产生的压力，浮收现象依然难以杜绝，官吏从中渔利，尤其是针对弱势群体。由于孙玉庭的建议未被采纳，地方官员也不敢再提起这个问题。直到同治初年（1862年），才最终确定了漕粮损耗的标准，这与孙玉庭早年的建议基本一致。
到了道光四年（1824年），孙玉庭被任命为体仁阁大学士，职位仍然保持不变。此时恰逢高家堰决堤，河督张文浩因此被流放，相关部门建议革除孙玉庭的职务。但是，考虑到孙玉庭之前的功劳，皇帝宽恕了他的过失，让他继续留任。然而，不久后由于借用黄河水运粮食的效果不佳，孙玉庭被解除了职务，并被给予编修一职退休。
此外，户部还指责孙玉庭没有实行海运，导致了河道运输受阻，并要求他承担滞留漕运及剥运费的七成责任，命令他留下来疏通运河。工程完成后，孙玉庭回到了家乡。