当英军的战舰逼近天津并向直隶总督琦善传达了指责林则徐引发争端的信息后，道光帝的态度开始发生了变化。此时，穆彰阿看到了皇帝的犹豫不决，便建议与英国议和，试图通过和平手段结束冲突。
道光帝采纳了穆彰阿的意见，决定罢免林则徐，并任命琦善为两广总督。然而，琦善采取的妥协政策并未能平息英军的怒火，战争继续升级。1841年，清廷派遣奕山、奕经分别前往广东和浙江指挥作战，但均未能阻止英军的攻势，反而遭受了严重的失败。
到了1842年，英军进一步威胁到了长江流域的安全，道光帝意识到继续战斗只会带来更大的损失。于是，他命令伊里布、耆英、牛鉴等人与英军进行谈判。最终，《南京条约》签订，条约规定中国需向英国支付巨额赔款，并开放广州、厦门、福州、宁波、上海五个港口作为通商口岸。与此同时，美国和法国也趁机与中国签订了类似的不平等条约。
穆彰阿在整个过程中，一直主张避免与英军发生正面冲突，并积极推动议和进程。尽管他的立场在当时受到了一些人的批评，认为他对国家利益的牺牲过于轻易，但在道光帝看来，穆彰阿的做法符合他希望尽快结束战争的愿望。因此，在整个道光年间，穆彰阿依然保持着皇帝的信任和重用。
四、晚年
穆彰阿在晚年的生活中，仍然活跃于清朝的政治舞台上，尤其是在教育和文化领域。他主持了多次乡试和会试，这不仅为国家选拔了大量人才，也使得他的门生遍布各地。此外，他还参与了各种重要的考试评审工作，如覆试、殿试和朝考，这进一步巩固了他在文人官僚中的威望。
作为编纂国史、玉牒、实录等史料的总裁官，穆彰阿的工作不仅仅是整理和记录历史，更是在塑造官方的历史叙述。这些工作为后世提供了宝贵的历史资料，同时也反映了他在文化和学术上的深远影响。他的门生和追随者众多，形成了所谓的“穆党”，这股力量在一定程度上影响了当时的政治格局。
然而，好景不长，1850年，随着道光帝的逝世，咸丰帝即位，穆彰阿的政治命运发生了剧变。咸丰帝对穆彰阿的厌恶早在他还是皇子时就已经显现出来，他认为穆彰阿是一个阻碍改革、阻碍国家进步的人物。在咸丰帝看来，