到了咸丰九年，虽然部分回民起义军已经接受招抚，但他们又在碧鸡关一带集结，抢劫近郊地区。政府军分头围剿，最终将其驱散。此外，政府军还平定了平彝、安宁、缅宁、楚雄等地的叛乱，武定、罗次、富民、禄丰、禄劝等州县也先后收复。
然而，回民与团练之间互相猜忌，冲突不断。徐之铭上任后，他的贪婪与狠毒逐渐显露，与总督亮基关系不和，时常在两人之间制造矛盾。咸丰十年秋天，回民领袖马德新、徐元吉以及武人马现等人率领各地回民来到省会昆明乞求招抚，并住在城外的江右馆。亮基约徐之铭一同前往安抚，但徐之铭却暗中唆使已经解散的团练练丁前往总督署阻挠。冲突中，通海知县雷焱被杀于总督署门前，随后招抚委员绅士马椿龄、孙钧也被逼杀。亮基因受到胁迫而不敢上报朝廷，只能以病为由请求离职。朝廷随后任命刘源灏接任总督一职，但刘源灏迟迟未到，亮基便径自离去。
五、任职西南
咸丰十一年（1861年），张亮基在湖北时，向朝廷上书陈述云南的情况，并弹劾徐之铭的不法行为。恰逢布政使邓尔恒升任陕西巡抚离滇，徐之铭唆使匪徒在路上杀害了邓尔恒。此事发生后，朝廷罢免了刘源灏，并任命潘铎为新的云贵总督，同时命令张亮基前往云南调查处理，督师剿匪。
张亮基上书请求朝廷颁发募捐文凭，以筹集军饷，并招募了一千名勇士后，准备与潘铎一同前往四川，希望借助四川的力量补充军饷和兵力。然而，当时四川的军事状况不稳定，无法提供足够的支持。与此同时，张亮基的旧部林自清，当时担任云南提督，与徐之铭和马如龙等人关系紧张，遭到回族民众的敌视。得知张亮基在四川的消息后，林自清擅自率领号称一万人的部队进入四川，寻求效力的机会，但张亮基未能阻止。
徐之铭则唆使马如龙等人公开表示拒绝张亮基进入云南，双方陷入长期对峙状态。
到了同治元年（1862年），潘铎率先抵达云南上任，并请求暂时保留徐之铭以完成安抚工作。在此情况下，朝廷改命张亮基以总督衔代理贵州巡抚。不久后，徐之铭再次暗中煽动回族民众制造动乱，潘铎遭到杀害，云南的局势变得更加动荡不安。
同治二年（1863年），张亮基抵达贵