甲归田。
石达开见大势已去，无奈之下与骆秉章签订了协议。然而，在石达开投降后，骆秉章并未遵守承诺，反而将石达开逮捕。石达开的部下在缴械投诚后，大部分被遣散，但仍有约两千人在大树堡寺庙被安置。令人遗憾的是，骆秉章在一个夜晚将这部分人全部剿灭。
六、炙手可热
同治二年（1863年），随着石达开的被捕和最终在成都被凌迟处死，骆秉章在西南地区的影响力达到了顶峰。石达开的失败和处决，不仅象征着太平天国运动在西南方向上的终结，也标志着骆秉章个人威望和地位的空前提升。为此，清廷再次嘉奖骆秉章，授予他太子太保的荣誉职务。
到了同治三年（1864年），随着太平天国首都天京（今南京）的陷落，清廷开始了大规模的论功行赏。骆秉章因在镇压太平天国运动中的贡献，被加恩赏赐一等轻车都尉的世职，并被赐予双眼花翎，这是一项极高的荣誉，象征着他作为清廷功臣的地位。
随着地位的提升，骆秉章的职责也随之增加。同治六年（1867年），他被晋升为四川总督，并兼任协办大学士，成为当时政坛上的一位重量级人物。这一时期，骆秉章的政治影响力甚至超越了他的行政辖区，扩展到了整个西南乃至全国范围。朝廷在制定重大政策时，会咨询骆秉章的意见；云南、贵州、陕西、甘肃等省份的重要人事任命和政务安排也会事先征求他的看法。骆秉章与曾国藩并称为当时清廷的两大支柱，他们的意见对清廷决策有着举足轻重的影响。
骆秉章的声誉不仅体现在政治领域，也体现在他对于地方治理的贡献。在西南地区，骆秉章推行了一系列旨在恢复社会秩序和发展生产的政策，包括整顿吏治、减轻赋税、兴修水利等，这些措施在一定程度上缓解了地方的困境，赢得了民心。
然而，多年的辛劳征战也使骆秉章的身体状况每况愈下，特别是眼疾日益加重。骆秉章多次上书请求辞官归乡，但皇帝考虑到他“老成硕望、调度有方”，始终未予批准，反而要求他“力疾视事”，仅给予了短暂的假期以供休养。
七、病逝任上
同治六年（1867年）农历十一月十七日（公历12月12日），骆秉章因病去世，享年74岁。