十月二十四日，萧朝贵在洪秀全面前再次以“天兄”身份出现，并直接询问洪秀全是否认得他。洪秀全的回答显示了他对萧朝贵作为“天兄”代言人身份的认可。通过这次对话，“天兄”授予洪秀全为“日”，并且明确表示在“太平时”冯云山、杨秀清和萧朝贵将成为军师。此外，“天兄”还指示洪秀全称王而不称帝，这直接影响了后来太平天国建立后的称谓体系。
在接下来的时间里，萧朝贵频繁以“天兄”身份出现，与杨秀清扮演的“天父”角色共同协作，处理“上帝会”内部的各种问题。例如，他们联手打击了在“上帝会”中有较大影响力的赐谷王（黄）家和大冲曾家，并成功排挤了当时“上帝会”的二号人物冯云山，使萧朝贵跃升为仅次于洪秀全和杨秀清的第三号人物，掌握了实权。
特别是在道光三十年（1850年）八、九月期间，由于杨秀清生病，萧朝贵暂时接替了杨秀清的部分职责，成为“上帝会”的实际领导者。在这段时间里，萧朝贵不仅继续以“天兄”身份出现，还提拔了韦昌辉，并将“上帝会”的大本营设在了韦昌辉的家乡——桂平金田村。
萧朝贵频繁地在桂平、贵县、平南等地的山村之间奔波，以“天兄”身份教导会众如何“炼真去奸”，鼓励他们“奋志顶天，真心扶主”，同时排解会中各种纷争，并对抗地主团练的骚扰。他的这些举动得到了广大会众的信任和支持，但也因此连日奔波，导致身体疲惫，最终患上了疮毒。
三、金田烽火
道光三十年（1850年），广西的社会动荡达到了顶峰，“上帝会”与地主团练之间的矛盾不断升级。面对日益紧张的局面，萧朝贵多次告诫会众要谨慎行事，并积极筹划武装起义。这一年秋天，起义的时机逐渐成熟。萧朝贵秘密传令给各地的会众，要求他们在十月初一（11月4日）到达桂平金田村进行团营集结。
十月初一当天，已经养病两个月的杨秀清再次“开金口”，与萧朝贵、韦昌辉、石达开等人在金田主持一切起义事宜。此时，洪秀全和冯云山正在平南山人村密谋，而萧朝贵则率领队伍进入武宣东乡，声援反清失利的陈亚贵，并接应前来会合的天地会苏三娘、邱二嫂等部。随后，萧朝贵召集了武宣、象州等地的会众，回到金田准备