平军在这次战斗中遭受了重大损失，数千人丧生，这是太平军遭遇的第一个重大失败。
尽管太平军在接下来的战斗中迅速反击，取得了一个歼灭数千清军、击毙四位总兵的大胜，但龙寮岭之战的惨败仍然在太平军将士心中留下了深刻的阴影。有传言称秦日纲在此次战役中表现不佳，这可能是他后来未能获得独立指挥作战机会的原因之一。实际上，龙寮岭会战的主要指挥者是萧朝贵，而非秦日纲。尽管如此，秦日纲作为当时的前线指挥官之一，仍需对这场战役的失败承担责任。
值得注意的是，尽管秦日纲在此战中的表现受到了质疑，但他在太平天国中的地位并未因此受到严重影响。他继续担任天官正丞相，并且在迁往天京（今南京）之后，享受到了特殊的待遇。在天京城内，秦日纲住进了分配给自己的宅邸，并在门口按照太平天国的制度画上了象征丞相身份的大象图案。在当时，由于太平天国禁止夫妻同居，能够在天京城内与配偶共同生活的家庭屈指可数，秦日纲便是其中之一，这也反映出他在太平天国中的特殊地位。
四、援军北讨
甲寅四年（1854年）五月，太平天国派出的北伐援军在山东临清州遭遇惨败，秦日纲被委以重任，带领第二次北伐援军前往直隶增援，并被封为燕王。然而，秦日纲在舒城杨家店遭遇失利，返回后向东王杨秀清汇报情况，称北方清军数量庞大，难以单独应对。之后，他被命令回到安庆安定民心，继续在安庆、池州等地开展安抚工作。
同年六月，秦日纲返回天京。八月，他被派遣前往湖北一带，负责河道的稽查工作，并秘密逮捕不法分子。当秦日纲抵达九江时，得知武昌和汉阳已被清军占领，守将石凤魁和黄再兴被迫撤退至田家镇。秦日纲立即发布通告，严厉批评石凤魁和黄再兴的失误，并命令他们驻扎在田家镇等待进一步指示。同时，秦日纲向杨秀清报告了这一情况。杨秀清对秦日纲的处理方式表示赞同，并下达指令将石凤魁和黄再兴带回天京审问，同时将田家镇的军事指挥权交给了秦日纲。
田家镇位于湖北省蕲州东南四十里，广济县南五十里的长江北岸，是一个极其重要的江防要塞。太平天国在此建立了坚固的防御体系，沿着长江两岸修建了土城，并设置了大量炮位。