此外，太平军还在田家镇与半壁山之间用铁索横江，以阻止清军水师的进攻。
十月十八日（夏历十月初四日），秦日纲指挥太平军与清军在半壁山展开激战，虽然初期取得了一些胜利，但最终还是被迫退回田家镇，半壁山下的横江铁索被切断。次日，太平军再度尝试反击，但石镇仑和韦以德两位将领英勇牺牲，半壁山最终落入敌手。
太平天国在江面上的防御措施与三国时期吴国有所不同。吴国是在两岸固定铁链，而太平天国则是在江中使用小船和木筏支撑铁索，以防止一旦某处被破坏后整个防御体系崩溃。然而，尽管防御设施设计周密，但由于太平军水师力量不足，而清军则拥有强大的水师力量，因此在江面作战中难以占据优势。
十月二十七日（夏历十月十三日），清军水师全力进攻，首先切断了铁索，然后攻击炮船，最后闯入下游焚烧太平军的运输船只。当晚，秦日纲率部撤退至黄梅县城及九江对岸的小池口等地，指挥罗大纲、林启容、陈玉成等将领扼守要塞，阻止了敌人的进一步推进。
次年正月，石达开来援，太平军在九江大败清军水师，并重新夺回了武昌和汉阳。然而，由于在半壁山和田家镇的失守，秦日纲被革去了王爵，改为顶天燕。尽管名义上失去了王位，但秦日纲并未真正沦为奴隶，而是在乙荣五年（1855年）正月暂时挂上“奴”的头衔继续处理政务。同年八月十七日，秦日纲洗脱了“奴”的称号，被重新封为“顶天燕”，恢复了仅次于五王的高位。
五、解围天京
丙辰六年（1856年）二月，镇江的局势危急，太平军面临着清军的重重围困。在这个关键时刻，秦日纲接到了紧急命令，率领丞相陈玉成、李秀成、涂镇兴、陈仕章、周胜坤等军队前往解救镇江。二月十一日夜（夏历二月十二日夜），秦日纲率军突破了清军的封锁线，与镇江守军会合，极大地鼓舞了士气。
二月二十六日夜（夏历二月十七日夜），秦日纲指挥军队渡过瓜洲，并于次日黎明发起攻势，迅速攻破了清军钦差大臣托明阿的马营。接着，太平军一鼓作气，接连攻破了虹桥、朴树湾、三汊河等多个清军营地，迫使清军节节败退。二十九日（夏历三月初一日），秦日纲率领的太平军顺利进入扬州城。