大规模冲突。当消息传到杨秀清耳中后，他立刻前往北王府对韦昌辉进行了严厉惩罚，并对其下属也进行了相应处置。这次事件进一步加剧了韦昌辉对杨秀清的怨恨情绪。同年五月，尽管杨秀清命令韦昌辉率军攻打湖北，但随后却又改变主意让其他人代替出征，这无疑是对韦昌辉能力的一种质疑。秋季时再次重复类似情况，使韦昌辉更加感到被边缘化。
随着时间推移，杨秀清越来越嚣张跋扈的行为终于触怒了包括洪秀全在内的多位高层领导人。他们开始秘密商议如何应对这一局面。尤其是1856年初夏之际，随着清军江北、江南两大营相继瓦解，天京围困解除，韦昌辉正带领军队在江西取得胜利之时，杨秀清却提出了过分的要求——逼迫洪秀全封他为“万岁”。面对如此挑衅之举，洪秀全再也无法忍受下去，于是密令正在前线作战的韦昌辉返回京城执行诛杀任务。
7月26日（或29日），韦昌辉带着三千精锐部队悄悄进入天京，并迅速控制住了局势。得到洪秀全正式批准后，他立即前往东王府展开行动，将杨秀清及其家人全部杀害。然而这场血腥清洗并没有就此结束，韦昌辉利用机会扩大打击范围，不分青红皂白地屠杀了上万名无辜者，其中包括许多原本支持太平天国事业的文武官员和平民百姓。此举直接导致了天京城内人心惶惶，连同石达开等重要将领也开始对韦昌辉的做法表示强烈不满。
当石达开从外地赶回天京试图调解时，反而激起了韦昌辉更大的杀心。为了避免自身及家人遭遇不测，石达开被迫逃离京城。而韦昌辉则变本加厉地追杀石达开亲属，并且公然威胁要包围天王府强迫洪秀全交人。面对如此失控的局面，洪秀全不得不公开宣布韦昌辉为叛徒，并号召全体军民共同将其捉拿归案。
由于此前韦昌辉的大规模屠杀已经彻底失去了民心，因此在他被宣布为“北奸”之后，其势力迅速土崩瓦解。9月27日（阴历十月初五日，阳历11月2日），藏匿多日的韦昌辉终于被捕，并被押送至天王府接受审判。最终，根据洪秀全的命令，韦昌辉遭受了极其残酷的肢解处决，并将首级送往石达开处示众。与此同时，参与此次事变的陈承镕、秦日纲等200余名“韦党”成员也被一并处决，从而宣告了这场震惊内外的天京事变正式落幕