昌、汉阳后，东王杨秀清命令燕王秦日纲加强田家镇的防御。这里位于武昌与黄石之间的长江北岸，是通往安徽的重要门户，地理位置极其重要。秦日纲依据有利地形，采取“连舟断江”的策略，在江面上设置了铁索相连的障碍物，并在后面部署了装有大炮的竹木筏以及辎重，使得整个防御体系看起来犹如一座坚固的城市。
十月十二日，彭玉麟、杨岳斌与塔齐布、罗泽南等将领在距离田家镇不远的地方商讨破敌之策。当晚，他们制定了详细的作战计划，将水师分为四个部分：第一队负责切断铁链；第二队攻击敌方炮船以掩护第一队；第三队待铁链被切断后立即冲锋，焚烧敌舰；第四队则留守老营防止敌人反扑。次日清晨，战斗正式打响。孙昌凯等人驾驶快艇直冲向横跨江面的铁链，用斧头砍断固定铁链的挂钩，并点燃炉火将铁链烧红后予以斩断。与此同时，彭玉麟指挥舢板小船猛烈攻击敌方炮船，为孙昌凯等人的行动提供掩护。铁链一旦被切断，杨岳斌即率部顺流而下，直至武穴，然后放火烧毁沿途遇到的所有太平军船只。得益于适时刮起的东南风，大火迅速蔓延开来，共摧毁了四千余艘敌舰，并俘获五百余艘。为了避免士兵因贪图战利品而涣散军心，彭玉麟下令焚毁所有缴获的船只。随后一天，太平军自焚营地，撤离田家镇，向东退往黄梅。湘军趁势追击，彭玉麟所部甚至推进到了九江府附近的江面。此次胜利使湘军水师声名远扬，清廷赐予彭玉麟巴图鲁称号，并要求各地水军学习其战术。
进入咸丰五年（1855年），为了阻止湘军继续向东挺进，太平天国加强了石钟山、湖口及九江等地的防守力量。翼王石达开亲自坐镇湖口指挥，罗大纲守卫对岸的梅家洲，林启容则坚守九江，三地互为犄角之势。曾国藩率领一万五千余人围攻九江，但进展缓慢，伤亡惨重。与此同时，彭玉麟带领水师参与其中，虽在小池口和湖口取得了一些局部胜利，却未能改变整体局势。一次夜间突袭导致曾国藩所在的帅船被毁，给湘军带来了重大损失。鉴于直接攻克九江难度极大，曾国藩转而尝试攻取梅家洲和湖口。期间，萧捷三受命率领一百二十多艘小型战船试图通过长江进入鄱阳湖消灭太平军水营，结果不幸被封锁，与外界隔绝。失去这些灵活机动的小船支持后，湘军的大船变得极为脆弱