曾国藩回家处理父亲丧事，彭玉麟与杨岳斌共同接过了曾国藩麾下湘军的指挥权。同年九月，湖口地区的拉锯战迎来了转折点，随着鄂东地区战斗的结束及江西援军的到来，第二次湖口战役拉开序幕。彭玉麟与杨岳斌商定采取夹击策略进攻湖口，然而内湖水师却被困于石钟山和梅家洲外，难以突破敌人的防线。面对这一困境，彭玉麟果断指挥内湖水师分三队强行突围，与此同时，杨岳斌率领外江水师到达湖口附近提供火力支援。通过这次行动，两支分离已久的水师部队终于实现了会合，极大地鼓舞了士气。随后，他们联手攻克了湖口及其对岸的梅家洲，彭玉麟也因此获得了加按察使衔的荣誉。
进入咸丰八年（1858年），彭玉麟与杨岳斌带领湘军水师连续攻占了枞阳、大通、铜陵和峡口等多个太平军据点，配合陆上的李续宾部队成功收复九江府城。对于这一系列胜利，清廷再次给予高度评价，授予彭玉麟布政使衔作为奖励。
五、连战克捷
咸丰十年（1860年），彭玉麟与杨岳斌合并兵力，共同应对太平军的威胁。他们分兵救援受到攻击的彭泽和湖口，并成功攻克了都昌。这次行动不仅巩固了湘军在长江沿岸的地位，也为后续的战略部署奠定了基础。
到了咸丰十一年（1861年）初，彭玉麟抵达下巴河，指挥水师阻止了太平天国陈玉成部渡江南下的企图。这一胜利对于保持清廷对长江下游地区的控制至关重要。一个多月后，清廷授予彭玉麟广东按察使之职，以表彰他的贡献。随后，彭玉麟与李续宜合作，率部采取水陆并进的方式，连续攻克了湖北孝感、天门、应城、黄州、德安等地，进一步削弱了太平军的力量。鉴于其卓越的表现，朝廷决定擢升彭玉麟为安徽巡抚，并命令他协助钦差大臣袁甲三处理军务。然而，彭玉麟认为自己更擅长军事而非民政管理，担心自己的长处得不到发挥，因此三次辞谢该任命。最终，朝廷尊重了他的意愿，改任他为水师提督，继续发挥他在海军方面的专长。
进入同治元年（1862年），彭玉麟被任命为兵部右侍郎，并奉诏节制镇将。尽管职位提升可能引起同僚间的嫉妒或不满，尤其是与杨岳斌的关系，但彭玉麟通过巧妙地协调双方关系，确保了两人能够和平共事。此外，他还负责监