管新设立的太湖水师。同年，彭玉麟率领湘军水师配合曾国荃的陆军进攻江宁府（即太平天国首都天京）。经过一系列艰苦卓绝的战斗，包括攻克铜城闸、巢县、含山、和州等要地，以及突破雍家镇、裕溪口等重要据点，最终占领了长江上的关键位置金柱关。每次战役中，彭玉麟总是亲临前线督战，乘坐小船跟随部队前进，并使用红旗作为指挥标志，以此激励士气。有时，他还会秘密潜入陆军阵地考察作战情况，这种随机出现的方式让所有官兵都不敢有丝毫懈怠。在他的严格监督下，军队纪律严明，所到之处军民均不敢违法乱纪。
随着战事的发展，彭玉麟协同王明山等人攻陷江宁头关，而曾国荃则驻扎于城南雨花台。彭玉麟带领湘军水师进抵江宁护城河口，面对太平军从东坝拖出数百艘战船布防于固城和南漪两湖的情况，彭玉麟果断指挥水师小艇深入湖泊作战，最终击溃敌方防线。接下来的一年里，彭玉麟与杨岳斌再次联手，向江浦发起攻势，迫使守军撤退。随后，他们集中力量攻打九洑洲这个战略要地，在付出重大代价后终于将其攻克。自此以后，湘军水师可以在长江上自由航行，不再受阻。紧接着，彭玉麟又参与了解除青阳之围的行动，并与鲍超部联合攻占高淳、东坝、溧水等地，彻底切断了天京的所有物资补给线。为此，清廷赐予彭玉麟黄马褂以示嘉奖。不久之后，随着杨岳斌调往江西督师，彭玉麟开始独自统领整个湘军水师。
到了同治三年（1864年），随着天京被清军攻破，标志着长达十余年的太平天国运动正式宣告失败。清廷为了表彰彭玉麟创立湘军水师并在平定叛乱过程中作出的巨大贡献，特地赏加他太子少保衔，并赐封一等轻车都尉世职。
六、筹防江海
同治四年（1865年），随着太平天国运动的结束，清廷开始着手处理战后事务。同年，同治帝欲任命彭玉麟为漕运总督，负责管理全国粮食运输这一重要职务。然而，彭玉麟以自己不熟悉漕政、性格急躁且见识有限为由，坚决推辞了这一职位。他的态度诚恳，最终使得同治帝放弃了这一任命，但仍然要求他与曾国藩等人商讨湘军水师的后续安排。这表明尽管战争已经结束，彭玉麟在军事领域的影响力依然显着。
到了同治七年（1868年），彭玉