府库空虚，使得局势更加艰难。杨岳斌到达后，立即着手解决这些紧迫的问题，多次上书朝廷请求从其他省份调拨钱粮，并计划进军灵州以稳定局势。然而，不久之后，陶茂林和雷正绾的部队相继发生叛乱，这进一步加剧了甘肃的动荡。
到了同治五年（1866年），杨岳斌亲自前往泾州和庆阳视察军队，希望能够提振士气并加强前线的防御。但就在这时，兰州爆发了一场兵变，士兵们逼迫布政使林之望向朝廷上书，指控杨岳斌分配粮饷不公。面对这一突发情况，杨岳斌迅速采取行动，命令曹克忠返回平息叛乱，并处决了百余名主要的叛乱分子。尽管如此，由于他在处理过程中私自拆阅了林之望的奏折，违反了官场规矩，最终被革职留任，降为三品顶戴。这一事件不仅影响了他的个人声誉，也反映了当时地方官员之间复杂的权力斗争。
随后，清廷决定由左宗棠接替杨岳斌出任陕甘总督，以期能够更好地应对甘肃的复杂局势。然而，在左宗棠尚未正式到任之前，杨岳斌已经感到力不从心。同治六年（1867年），他再次向朝廷上书，声称自己的病情加重，无法继续履行职责，请求允许他返回家乡养病。考虑到当时的实际情况，清廷同意了他的请求，并任命穆图善暂时代理总督一职，直到左宗棠到来。
五、晚年复出
光绪元年（1875年），随着长江水师的建立，清廷认识到需要一位经验丰富的将领来整顿和管理这支新成立的部队。由于提督以下的许多将领都是杨岳斌的旧部，朝廷决定任命杨岳斌与彭玉麟共同巡阅长江，以整顿水师并加强江防。这一任命不仅显示了对杨岳斌军事才能的认可，也反映了他在湘军中的威望和影响力。
尽管被赋予重任，杨岳斌却多次上书请求辞去差使，希望回乡奉养父母。然而，他的请求直到光绪五年（1879年）才得到朝廷的批准。在这几年中，杨岳斌在长江沿岸进行了大量的工作，包括训练士兵、整顿军纪、加强防御设施等，为长江水师的稳定和发展做出了重要贡献。
到了光绪九年（1883年），中法战争爆发，法国侵略越南，并威胁到中国的南部边境。面对这一新的挑战，清廷再次想起了杨岳斌，任命他为会办福建军务。但此时杨岳斌的母亲已经年迈且病重，因