格的纪律、高昂的士气以及出色的战斗力而闻名。咸丰年间，太平天国运动达到高潮，清廷与太平军之间的战争异常激烈，尤其是长江中下游地区成为了双方争夺的焦点。
1855年，黄万鹏随同吉字营进入江西战场。当时，太平军控制了该省大部分地区，对清朝统治构成了严重威胁。在此期间，黄万鹏参与了多场关键战役。在攻打安福县城时，面对坚固的城防工事及敌人的顽强抵抗，黄万鹏率领一小队士兵巧妙地利用夜色掩护，成功突入城内，为后续部队打开缺口，最终促成了整个战役的胜利。这一壮举不仅展现了他出色的指挥能力，也证明了他的勇猛无畏。
接下来几年里，黄万鹏继续活跃于前线，转战安徽等地，先后参与攻克吉安、信丰、景德镇等重要城市。特别是在吉安之战中，黄万鹏再次表现得极为英勇。据记载，在一次激烈的攻城战斗中，一颗子弹射穿了他的左大腿，但他依然坚持不下火线，直到战斗结束才接受治疗。这种不屈不挠的精神深深打动了上级将领，因此被授予六品功牌，并获得了外委尽先拔补的机会，这意味着他在未来的晋升道路上将享有优先权。
到了咸丰十一年（1861），随着战局的发展，安庆成为了解决太平天国问题的关键所在。作为长江上的重镇，安庆的战略位置极其重要，谁掌握了它就等于掌握了通往南京的大门。在这场至关重要的围城战中，黄万鹏的表现尤为突出。当部队发动总攻时，他身先士卒，率先冲上城墙，高举旗帜鼓舞士气，极大地激励了身边的将士们。经过一番血战，安庆终于被攻克，黄万鹏因功被擢升为千总，并获赐蓝翎，这是对他英勇行为的高度认可。
紧接着，黄万鹏又参与到更为艰巨的任务——围攻太平天国首都天京（今南京）。这次行动历时数月之久，其间黄万鹏多次率领先锋部队执行突击任务，尤其是在挖掘地道爆破城墙方面发挥了重要作用。1864年4月，通过精心策划的地道爆破，南京城墙被炸开一个长达20余丈的巨大缺口，黄万鹏带领前锋部队从这里突破进城，与守军展开了激烈巷战。经过三天三夜的激战，南京最终落入清军手中。此役过后，黄万鹏以总兵身份简放，并被授予“力勇巴图鲁”的荣誉称号。
三、转战西北，平定边疆