太平天国运动被平息后，清朝内部的稳定并未持续太久。同治年间，西北地区爆发了回民起义，给清廷带来了新的挑战。1862年至1873年间，陕甘地区的回民与捻军联合起来，对清朝统治构成了严重威胁。面对这一局势，清政府派遣重兵前往镇压，其中就包括了黄万鹏。
黄万鹏在平定太平天国的过程中积累了丰富的实战经验和指挥才能，因此成为了此次行动中的重要将领之一。他首先被派往陕西汉中担任总兵，负责该地区的防务工作。在此期间，黄万鹏不仅展现了出色的军事指挥能力，还非常重视部队的后勤保障和士气维护，通过抚恤士卒、改善士兵生活条件等方式，增强了军队的凝聚力和战斗力。同时，他还积极加强边防建设，为抵御外来侵略打下了坚实的基础。
然而，更大的考验还在后面。1866年，左宗棠被任命为陕甘总督，负责督办陕甘军务，以应对日益严峻的局面。左宗棠制定了“先捻后回、先秦后陇”的战略方针，并抽调了一批经验丰富的湘军将领参与作战，黄万鹏便是其中之一。在随后几年里，黄万鹏跟随左宗棠辗转于陕甘各地，参与了一系列重要的军事行动，逐步稳定了局势。
到了1871年，新疆地区出现了更为严重的危机。这一年，来自中亚浩罕汗国的阿古柏率部入侵南疆，建立了所谓的“哲德沙尔汗国”，并对当地民众实施残酷统治。与此同时，俄国也趁机占领了伊犁地区，进一步加剧了新疆问题的复杂性。面对国土分裂的危机，清政府最终采纳了左宗棠提出的收复新疆计划，并于1875年正式任命其为钦差大臣，督办新疆军务。
作为左宗棠麾下的得力干将，黄万鹏再次临危受命，加入了西征大军。这次远征任务艰巨而漫长，沿途环境恶劣，但黄万鹏以其坚定的决心和卓越的能力克服了一个又一个困难。1876年3月，他率先带领部队出关，与刘锦棠等其他将领共同推进至乌鲁木齐一带。经过数月激战，清军成功攻占了乌鲁木齐及周边要塞，初步打开了通往南疆的道路。
接下来的一系列战役中，黄万鹏更是发挥了关键作用。特别是在攻打达坂城时，他采取了大胆而巧妙的战略——利用夜色掩护进行突袭。当时，达坂城是敌方的重要据点之一，防御十分坚固。黄万鹏精心策划