。到了光绪元年（1875年），刘长佑的才能得到了进一步的认可，被补授为云贵总督，这标志着他职业生涯的一个新高峰。作为云贵总督，刘长佑不仅承担了治理云南和贵州两省的重任，还肩负起了加强西南边防、抵御外来侵略的重要使命。
在广西期间，刘长佑与另一位着名将领冯子材紧密合作，共同致力于打击活跃于越南北圻的土匪势力。这些土匪包括苏帼汉、黄崇英、李扬才等人，他们在边境地区频繁活动，给当地带来了极大的安全隐患。经过多年的努力，刘长佑和他的团队终于成功地清除了这些威胁，恢复了边疆的稳定。此外，他还对那些因战争而损坏严重的关隘城堡进行了修复，并部署重兵驻守，以确保边界的安全。
当刘长佑担任云贵总督后，他的首要任务之一便是建设和发展云南 练 军 ，这是为了增强边境防御能力，防止外部势力的入侵。为此，他引入了一批曾在楚勇中表现出色的骨干力量，以此为基础对云南军队进行了彻底的改编。同时，他还积极引进当时中国较为先进的武器装备，极大地提升了云南 练 军 的整体战斗力。通过这些举措，刘长佑不仅增强了地方武装的力量，也为日后可能发生的冲突做好了准备。
面对英法两国日益增长的侵略野心，刘长佑表现出了高度的警惕性。他认为，如果允许外国势力轻易进入云南或越南北部，那么将对中国南部边疆构成严重威胁。因此，他提出了多项应对策略，其中之一就是在越南境内长期驻扎军队，以此来遏制法国对北圻地区的扩张企图。刘长佑认为这种做法既可以作为防范措施，也可以作为一种威慑手段，阻止敌人的进一步行动。然而，由于法国方面不断施压，要求中国撤出所有驻越部队，这一建议并未得到充分实施。
除此之外，针对英国和法国想要开采云南丰富矿产资源的想法，刘长佑也表达了强烈的反对态度。他主张应该由中国人自己或者聘请熟悉西方技术的专业人士来进行开发，这样既能保护国家利益不受侵害，又能有效防止外人插手内部事务。尽管如此，他的许多提议并没有获得清政府的广泛支持。
随着法国殖民者加紧对越南的控制，并且开始策划更大规模的军事行动，中法之间的紧张关系逐渐升级。特别是当法国将军李威利率领大军入