监督轮船制造项目，并得到了朝廷的支持。随后，他选择福州马尾作为造船厂地址，并派遣人员赴海外采购先进设备和技术资料。同时，还创办了求是堂艺局（后来改名为船政学堂），旨在培养中国自己的造船专家和海军人才。
不幸的是，正当福州船政局筹备工作顺利进行之时，西北边疆又爆发了新的危机。面对这种情况，左宗棠不得不离开东南沿海前往陕甘地区担任总督职务，但他仍然关心着船政事业的发展。于是，他推荐了沈葆桢接替自己出任总理船政大臣一职。在沈葆桢的努力下，福州船政局于1867年开始正式运营，成为中国近代史上第一个采用西方技术建造现代化舰艇的企业
四、西靖陕甘
1862年，陕西回民趁太平天国和捻军进入陕西的机会，联合发动叛乱，宁夏地区也爆发了大规模的回民暴动，陕甘局势迅速恶化。由于总督杨岳斌无法有效控制局势，清廷于1866年谕令左宗棠前往陕甘平定回民起事。
左宗棠于1866年末动身，准备率领各军平定回民起事。然而，由于西捻军进犯陕西，加之左宗棠认为捻军实力强于回民军，因此他首先选择重点镇压捻军。在多次与捻军的交战中，左宗棠虽屡次击败捻军，但因回民军的牵制以及捻军的机动灵活，难以彻底取胜。延川、绥德等地还多次被回民军攻破。1867年末，捻军由陕入晋，继而进入河南、直隶，京师震动。左宗棠因未能有效控制局势，与李鸿章、李鹤年、官文皆受革职处分。但左宗棠并未气馁，他率军追击捻军，并建言献策，最终于1868年协助李鸿章消灭了西捻军。
在消灭捻军后，左宗棠将主要精力转向回民军。他率军进入陕北的延安、绥德、榆林一带，先后逼降扈彰、董福祥等统领的起义军。随后，他进兵董志原，大败盘踞和被驱逐于此的回民军，攻占该地，肃清庆阳、泾州。在此期间，左宗棠还努力恢复生产，推广代田法、区田法，并拨款救济饥民和归降者。
在平定回民军的过程中，左宗棠认定盘踞金积堡一带的马化龙是回民起事的罪魁祸首之一。他派刘松山进攻马化龙的金积堡，但刘松山在战斗中阵亡。左宗棠痛感“失我右臂”，但他并未因此气馁，而是以刘松山之侄刘锦棠代替刘松山，调动重兵围攻金积堡。