军又在赣榆地区再次遭受重创。更令人痛心的是，在这次战役中，东捻军的重要领导人之一任化邦被叛徒杀害，这对整个军队的士气造成了极大的影响。
尽管接连失利，赖文光并没有放弃希望。他决定率部重新返回山东，希望能够在那里找到转机。12月5日，当他们行进至潍县与寿光之间的地带时，又一次遭到了刘铭传所部的攻击，并最终败退。到了12月24日，在寿光南、北洋河与弥河之间的决战中，东捻军陷入了绝境。这场战斗异常惨烈，万余人被俘虏，近两万人战死沙场，其中包括首王范汝增等多名重要将领。
尽管如此，赖文光仍然没有放弃最后的努力。他带领着剩余的四五千名士兵继续南下，一路上不断与清军交战。1868年1月1日夜，赖文光指挥部队成功突破了六塘河防线，通过沭阳县南兴河头、张家湾一带，沿运河南下，经过淮安、宝应和仙女庙（今江都）等地。然而，由于沿途不断受到清军的截击，队伍人数逐渐减少。
1月5日，赖文光带着仅剩的一千余名战士来到了扬州东北方向的瓦窑铺。在这里，他们遭遇了道员吴毓兰所率领的淮军的伏击。在这次战斗中，赖文光不幸受伤并被俘。至此，东捻军彻底失败，长达数年的抗争终于画上了句号。
被捕后的赖文光表现出了极高的气节和坚定的信念。面对敌人的劝降，他坚决拒绝妥协，反而利用在监牢中的时间奋笔疾书，详细记录了太平军和捻军的光辉历程以及自己对太平天国事业的忠诚。在他的文字中充满了对革命理想的坚定信念，以及对自己使命的无悔奉献。最终，赖文光以“惟一死以报国家，以全臣节”这样的铿锵誓言表达了自己视死如归的决心。1月10日，赖文光在扬州城外的老虎山从容就义