之洞对于官制改革的态度更是明确反对。他认为，如果实施官制改革，将会立刻引发全国性的动荡。在他看来，这关乎清朝两百多年的传统制度和二十一个省份的治理，不应草率行事。
九、中枢重臣
清廷在光绪三十三年（1907年）通过官制改革，旨在加强中央皇权，削弱地方督抚的权力。在这个背景下，清廷决定将当时最有权势的地方督抚袁世凯和张之洞调往北京。同年六月十八日，张之洞被授予体仁阁大学士的职位，一个月后，即七月二十七日，又被任命为军机大臣，成为清廷中枢的重要人物。
张之洞在中枢任职期间，正值光绪帝和慈禧太后相继去世的关键时刻。光绪三十四年（1908年）10月，光绪帝和慈禧太后相继离世，年仅三岁的溥仪继位，年号改为宣统。醇亲王载沣以摄政王的身份临朝听政，满族亲贵趁机集中权力，排挤汉族官员。袁世凯作为当时权倾一时的汉族大官僚，加之戊戌变法时曾出卖光绪帝，因而遭到载沣等皇族亲贵的忌恨。
面对满族亲贵对袁世凯的排挤，张之洞表现出了不同的态度。当载沣等人密谋暗杀袁世凯时，张之洞明确表示反对，认为在这种国家动荡不安的时期，不应该轻易诛杀大臣，尤其是像袁世凯这样有影响力的重臣。张之洞的这一立场，体现了他在复杂的政治局势面前的审慎态度。
然而，尽管张之洞反对诛杀袁世凯，清廷最终还是采取了其他手段来削弱袁世凯的权力。宣统元年（1909年）正月，清廷以袁世凯患“足疾”为由，让他返回河南休养。这一举动实际上是对袁世凯权力的剥夺，也是满族亲贵加强自身权力的一部分。
与此同时，张之洞的身体状况也日益恶化。宣统元年（1909年）六月，张之洞病重。八月二十一日（1909年10月4日），他向清廷请求辞去所有职务，并于同日在位于北京西城区什刹海湖畔白米斜街11号院的寓所中去世。两天后，即八月二十三日（10月6日），清廷追赠他“文襄”的谥号，以表彰他在政治和改革事业中的贡献。