后来的洋务运动奠定了基础。
由于湘军大部分已被裁撤，曾国藩北上时主要依靠淮军。曾国藩抵达前线后，采用了刘铭传、李鸿章等人提出的“以有定之兵，制无定之寇”的方针，决定在安徽临淮、河南周口、江苏徐州、山东济宁四镇驻扎重兵，并实行一省有急、三省往援的机制。此外，曾国藩还在运河、黄海、沙河和贾鲁河一带设防，推行“画河圈地”的战术。
然而，由于捻军作战灵活多变，且势力强大，曾国藩的防守策略一时难以见效。加上曾国藩对淮军的指挥不够顺畅，导致一年多的时间内，剿捻成效甚微。因此，到了同治五年（1866年）十一月初一，清廷改命李鸿章为钦差大臣，接手剿捻事务。
李鸿章上任后，立即着手扩大淮军规模。李昭庆所部扩充至19营，名为武毅军，并新增了“魁”字2营、亲兵1营和“凤”字7营。此外，还借调了唐仁廉的3营马队。这样一来，剿捻的总兵力达到了7万人。
当时，捻军已分裂为两支，赖文光、任柱等人率领东捻军在中原地区作战，而张宗禹、邱远才等人则率捻军进入陕西。李鸿章决定首先集中力量对付东捻军。虽然他依然坚持“以静制动”的战略方针，但吸取了曾国藩分防过广的教训，改为“扼地兜剿”的战术，即力图将捻军逼入山深水复的地方，放弃部分地域以诱其深入，然后再由各省军队合力围困。
在具体实施剿捻战略的过程中，李鸿章主导的军事行动大致经历了三个阶段，每个阶段都有其独特的背景和挑战。
第一阶段：臼口之围（同治五年十一月至次年四月）
同治五年（1866年）十一月至次年四月，李鸿章实施了“臼口之围”的战略，主战场在湖北。东捻军突破了曾国藩原先设置的贾鲁河—沙河防线，集结于湖北臼口一带，兵力约十万人。李鸿章迅速调动湘淮军各部7万余人，分路进击，意图一举歼灭东捻军。
然而，在具体作战过程中，淮军遭遇了几次重大挫折。同治五年十二月（1867年1月），淮军“松”字营在安陆罗家集被捻军击败，统领郭松林受伤。半个月后，“树”字营在德安杨家河被捻军歼灭，统领张树珊阵亡。
同治六年（1867年）元月，双方主力在安陆尹