差大臣，赋予他节制宋庆、董福祥、聂士成、袁世凯等所部及北洋各军的权力。这表明荣禄在军队中的影响力进一步扩大。
到了光绪二十五年（1899年）五月二十日（6月27日），荣禄成功组建了武卫军，这支军队成为了清朝后期重要的军事力量。随后，他还组织了武卫先锋军和其他部队，进一步加强了其在军事上的地位。在这一时期，荣禄对于光绪帝的废立问题，从最初的犹豫转变为坚定的反对态度。这反映了荣禄在政局变动中的复杂立场。
同年十月十五日（11月17日），协办大学士刚毅从广东返回京城，并开始联合其他势力向荣禄施压。刚毅指责荣禄信任的苏元春，并试图通过批评荣禄涉嫌贪腐来削弱其影响力。此外，刚毅还推动了对康有为和梁启超等维新派人士的追责，导致慈禧罢免了廖寿恒的军机大臣职位，取而代之的是赵舒翘。这一系列举动动摇了荣禄所维持的政局平衡。
与此同时，刚毅等人还试图废除京师大学堂，但遭到了荣禄的坚决反对。荣禄不仅维护了京师大学堂的存在，还提议增设武备学堂，并得到了批准，显示出他在教育改革方面的积极态度。
到了光绪二十五年十二月七日（1900年1月7日），荣禄支持李鸿章离京前往两广总督任上，以避免卷入更为复杂的宫廷斗争。然而，十二月二十四日（1900年1月24日），清廷还是宣布封载漪之子溥儁为皇子，即所谓的“大阿哥”，以应对废黜光绪帝的压力。
七、庚子之难
光绪二十六年（1900年），义和团运动在北京及其周边地区迅速蔓延，这一事件最终演变成了庚子之难，即八国联军侵华战争。在这一历史背景下，荣禄扮演了一个复杂而关键的角色。
随着义和团运动的加剧，荣禄多次请求朝廷采取措施镇压义和团，并提出保护各国使馆的建议。然而，随着形势的发展，荣禄采取了一种被称为“明攻暗保”的策略。在围攻使馆的过程中，荣禄表面上参与了对使馆的攻击，但实际上却向使馆输送食品，并帮助使馆与外界保持通讯联系。这一策略反映了荣禄在危机时刻的审慎态度，以及他试图在不同势力之间寻求平衡的努力。
然而，随着战局的恶化，慈禧太后携光绪帝逃离北京，