荣禄被命令留在北京处理事务。北京陷落后，荣禄暂时驻留在保定，并在慈禧的命令下，被任命为“会办全权大臣”，参与与八国联军的谈判。与此同时，李鸿章奏请让荣禄返回“行在”，即慈禧太后避难的地方。这一举动既是为了通过荣禄影响慈禧的决策，也是为了保护荣禄，使其免于进一步的政治风险。
闰八月十三日（10月6日），荣禄奉诏前往西安行在。在此期间，荣禄面临着来自载漪、端王等人的排挤，这些人试图阻止荣禄前往行在，以便继续掌控朝政。然而，在东南督抚的帮助下，荣禄最终得以抵达行在。东南督抚们还试图为武卫中军围攻使馆的行为向列强进行辩护，希望减轻对荣禄的追究。
抵达西安后，荣禄重新掌握了枢密院的权力，但他的行动仍然受到慈禧太后的控制。荣禄在处理政务时倾向于保护载漪等人，这引起了李鸿章等督抚的不满。在这种复杂的权力格局中，《辛丑条约》的谈判逐渐展开，并最终达成协议。随着刚毅、李鸿章等人的去世，以及主战派贵族被圈禁，荣禄在晚清国势衰颓之际达到了个人政治地位的顶峰。
八、寿终京第
光绪二十七年（1901年），庚子之乱后的中国处于动荡与变革之中。荣禄在这一时期继续担任重要职务，并积极参与国家大事。六月十日（7月25日），荣禄被任命为管理户部事务的大臣，这意味着他在经济和财政方面承担起了更加重要的责任。
同年，荣禄支持了刘坤一和张之洞提出的“江楚会奏变法三折”中的变法主张。这一变法倡议旨在通过改革来振兴国家，反映了当时一部分官员试图通过现代化来挽救清朝统治的努力。荣禄的支持表明他在某种程度上认同变法的必要性。
十一月（1902年1月），随着两宫回銮，荣禄也随扈自西安返回北京。在此期间，他被加封为太子少保衔，并转任文华殿大学士。十二月二十四日（1902年2月2日），荣禄正式定为文华殿大学士，这标志着他在朝廷中的地位进一步稳固。
光绪二十八年（1902年）七月十八日（8月31日），荣禄的女儿瓜尔佳·幼兰与醇亲王载沣结为夫妻，这一婚姻是慈禧太后的安排。幼兰后来生下了宣统帝溥仪，这也使得荣禄与未来的皇帝有了亲属关系