随着英法联军逼近北京，咸丰帝不得不带着懿贵妃和其他皇族成员仓皇逃往热河避暑山庄。在此期间，懿贵妃开始积极参与朝政，审阅各地奏章，并与朝臣讨论政事。她的这些行为引起了咸丰帝身边一些大臣的不满，特别是肃顺，甚至建议咸丰帝效仿汉武帝赐死钩弋夫人的做法来处理懿贵妃的问题。然而，咸丰帝并没有采纳这个建议，这让懿贵妃暂时保住了性命，但其政治声望受到了一定影响。
咸丰十一年（1861年），咸丰帝在热河去世，年仅六岁的载淳即位，是为同治帝。同治帝尊皇后钮钴禄氏为母后皇太后，尊懿贵妃为圣母皇太后，并分别赐予她们“慈安”和“慈禧”的徽号。咸丰帝临终前任命了八位顾命大臣辅佐年幼的同治帝，同时授予皇后和皇太子（由慈禧代管）两枚代表皇权的图章，用于签署诏令。慈禧以生母身份代行皇帝职权，但实际上权力受到了限制。
然而，慈禧并不满足于这种有限的权力，她渴望能够全面控制朝政。以载垣、肃顺为首的辅政大臣坚决反对慈禧干政，认为这违背了祖制和咸丰帝的遗愿。慈禧意识到必须联合其他力量才能改变现状，于是她首先说服了慈安太后，并与身在北京的恭亲王奕取得了联系。奕不顾辅政大臣的阻挠，前往热河拜见咸丰帝灵柩，并与慈禧、慈安进行了长达数小时的秘密会晤。在这次会议中，他们策划了从辅政大臣手中夺权的具体步骤。奕回到北京后，积极联络外国使节，确保外国不会干涉清廷内部事务。
咸丰十一年（1861年），慈禧与奕密谋政变后，形势迅速变化。八月初六日，山东道监察御史董元醇上奏请求皇太后代理朝政，并提议在亲王中挑选一两人辅助处理国家大事。慈禧看到奏折后十分高兴，并立即召见载垣等顾命大臣，要求按照奏折所请传旨。然而，载垣等人以祖制中并无太后垂帘听政的规定为由，坚持驳回了董元醇的请求，并由焦佑瀛草拟了一份措辞严厉的上谕。
慈禧在收到这份上谕草稿后并未立即发出，而是将其与董元醇的原折一同扣留。当载垣等人得知此事后，态度强硬，表示他们是“赞襄皇上”，不能听从太后的命令，并指责慈禧查看奏折的行为是多余的。这一事件激怒了慈禧，她气得面色青紫，年幼的同治帝也被吓得哭泣不止，甚至尿湿了慈禧的