即表示蔡寿祺不是好人，并要求将其逮捕审讯。慈禧与慈安对此非常愤怒，当日便召见大学士周祖培等人，打算以重罪处置奕。然而，诸臣请求先查明事实再定罪。
随后，大学士倭仁、周祖培等在内阁讨论，并召蔡寿祺前来供述。最终，在三月初七日，他们上奏认为蔡寿祺的指控缺乏实据，并暗示奕若能严格自律，就不会屡遭非议。慈禧接到这一模棱两可的覆议后，立即召见了他们，并交给他们一份措辞严厉的朱谕，指责奕自议政以来妄自尊大、目无君上，甚至暗中离间他人。慈禧谕令革去奕的一切职务，并要求众臣执行。
这一决定引起了众多亲王和大臣的反对。惇亲王奕誴上书慈禧，认为奕并无明显劣迹，仅在语言上有所不检，建议慎重处理。慈禧随即召见了孚郡王奕譓及军机大臣文祥等人，指示他们召集王公大臣及翰詹科道在内阁会议，讨论此事。会议前，慈禧态度反复，先是表示对奕仍有信心，后又严厉批评奕，要求诸臣“为我平治之”。
会议当天，众臣因慈禧前后不一的态度而困惑，无法达成一致意见。醇郡王奕譞急忙从东陵赶回北京，上疏为奕求情，请求慈禧宽恕他过去的错误，给他改正的机会。慈禧将此奏折也发交王大臣会议。会议中，倭仁起草了一份否定奕譞意见的疏稿，但肃亲王隆懃等人支持奕譞，导致倭仁不得不多次修改疏稿。最终，军机大臣支持倭仁的意见，而礼亲王世铎及其他王公大臣则支持肃王的意见。
由于群臣意见分歧严重，慈禧意识到如果不妥善处理，不仅会遭到内部反对，还可能引起外国干涉。因此，她在三月十六日发布上谕，部分恢复了奕的职务，但仍不允许他进入军机处。然而，群臣仍对此不满，慈禧只好在四月十四日允许奕重新担任军机大臣，但议政王的名号不再恢复。
这一事件不仅削弱了奕的权力，还加深了慈禧与其他朝臣之间的裂痕。慈禧在处理政务时，常常依赖太监传达信息，其中最着名的便是安德海。同治八年（1869年），安德海违反祖制擅自出宫游玩，并在山东被巡抚丁宝桢扣留。慈禧对此惊慌失措，而慈安则召集奕等人商议，决定将其就地正法。慈禧虽对此不满，但迫于舆论压力，未敢公开反对。
同治十一年（1872年），同治帝已届十七