光绪帝并未就此示弱。七月十九日，他下令将阻挠礼部主事王照上书的礼部尚书怀塔布等六人全部革职，并对王照予以奖励。次日，他任命谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭为军机章京，并给予四品卿衔，让他们参与新政。这些举动进一步激怒了慈禧太后。
七月二十日，光绪帝任命维新派重要人物谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭为四品衔章京，处理新政事宜。维新派还打算聘请日本前首相伊藤博文担任顾问，但这一计划因慈禧的干涉未能实现。随着越来越多的利益受损的守旧势力聚集到慈禧周围，要求她出面制止变法，慈禧开始频繁与荣禄密谋，并有传言称她将在秋季陪同光绪帝前往天津阅兵时废黜光绪帝。
面对日益紧迫的形势，光绪帝感到恐慌不安。七月二十八日，他秘密向杨锐下达了一道密诏，表达了对时局的忧虑，并要求维新派人士设法救助他。然而，维新派在收到密诏后却束手无策，最后只能寄希望于外国公使和袁世凯。各国公使虽表示同情，但不愿意直接介入。维新派遂策划了兵围颐和园逮捕慈禧的计划，并试图拉拢袁世凯支持。但袁世凯最终选择了站在慈禧一边，维新派的计划落空。
慈禧太后得知维新派的计划后，连夜从颐和园返回紫禁城。八月初六日清晨，慈禧太后宣布重新训政，下令缉捕维新派人士。康有为在政变发生前一天逃离北京，而谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁、杨深秀等“六君子”则于八月十三日在北京菜市口被处决。慈禧太后随即囚禁了光绪帝于中南海瀛台涵元殿。
戊戌政变后，慈禧太后立端郡王载漪之子溥儁为“大阿哥”，意图取代光绪帝，但这一企图因得不到列强的支持而失败。
七、瀛台幽禁
光绪二十六年（1900年），随着义和团运动的兴起和八国联军侵华战争的爆发，清廷面临了一个重大的抉择——是选择与列强和平共处，还是依靠义和团的力量对抗列强。在五月二十日至五月二十三日之间，慈禧太后连续召开了四次御前会议，讨论和战问题。
光绪帝在这些会议上明确表达了自己反对对外宣战的态度。他认为，义和团所宣称的“神术”并不可靠，而列强的实力远远超过日本，如果联合起来对付中国，中国将难以抵御。光绪帝担心