义和团的行为会导致大量无辜民众的伤亡，因此坚决反对盲目开战。
然而，以载漪、载濂、刚毅为代表的顽固派大臣坚持认为应该依靠义和团的力量来抵御外侮，并且还编造了一个所谓的“外交团照会”，声称列强要求慈禧太后归政，并废黜“大阿哥”溥儁。这一行为激怒了慈禧太后，她认为这是对外侮的挑衅，于是决定宣战。
五月二十五日，慈禧太后颁布了对外宣战的“上谕”。但仅四天后，慈禧太后又向列强表示，清廷愿意慎重对待邦交，不愿轻易挑衅。再过了四天，慈禧太后又表示愿意自行惩办所谓的“乱民”，即义和团成员。然而，这一切都没有阻止八国联军于八月十四日攻破北京的步伐。次日，光绪帝在慈禧太后的带领下逃往西安。直到《辛丑条约》签订后，光绪帝和慈禧太后才得以返回北京。
光绪二十七年（1901年）十月二十日，溥儁被撤销了大阿哥的称号，光绪帝的皇位暂时保住了。然而，他在朝中的地位却如同傀儡一般，几乎不发一言。即便在慈禧太后示意他表态时，他也只是简单地说几句而已。
在接下来的十年里，光绪帝处于被幽禁的状态，但他并未放弃对知识的追求。特别是在法律方面，光绪帝表现出了极大的兴趣。他坚持阅读世界各国的法律书籍，努力钻研法律知识。尽管身处逆境，光绪帝依然保持了对国家和民族前途的关注，希望通过学习先进的法律制度来为中国的未来发展提供参考。
八、离奇病故
光绪三十四年（1908年），光绪帝的健康状况急剧恶化，最终导致了他的离奇病故。这一年的秋天，光绪帝与慈禧太后几乎同时病倒。随着病情的加重，清廷内部开始对继承人问题进行讨论。
虽然光绪帝在返回北京后不再被囚禁于瀛台，但他仍然受到慈禧太后的严格控制。慈禧太后对光绪帝的言行有着严格的约束，甚至在颁发新政诏令时，光绪帝也不得不按照慈禧太后的意思行事。光绪帝在私下里向德龄公主表达了自己的无奈和苦衷：“我有意振兴中国，但你知道我不能作主，不能如我的志。”
随着光绪帝的病情加重，慈禧太后意识到需要提前解决继承人的问题。于是，她下令将醇贤亲王奕譞之孙、摄政王载沣之子溥仪养育在宫中。溥