在船政学堂的杰出表现，被授予五品军功，并被任命为“琛航”运输船的大副。这一任命不仅是对其个人能力的肯定，也标志着中国军事教育进入了一个新的阶段——从学院走向实战指挥。从此，船政学堂培养出来的军官开始真正走上指挥岗位，参与到海军的实际运作当中。
1875年，正当日本军队企图侵扰台湾、澎湖和基隆等地的关键时刻，邓世昌被任命为“海东云”炮舰的管带，负责巡逻海口，维护国家安全。凭借在此次任务中的优异表现，他获得了晋升为千总的荣誉。
1877年2月，邓世昌暂时担任“扬武”巡洋舰的大副。同年3月，福州船政局选拔了一批优秀学生前往英国和法国留学，以进一步提升他们的专业知识和技能。邓世昌完全具备留学的资格，但由于当时国内急需像他这样既有理论知识又有实践经验的海军人才，因此他留在国内继续服务，并在风浪中磨练自己的意志和能力。
到了1878年2月，由于“海东云”舰艇吨位较小且火力较弱，邓世昌被调任至配备五门前后膛炮的“振威”炮舰担任管带，并暂代“扬武”快船的指挥工作。此时，邓世昌的任务是守卫澎湖和基隆等战略要地，抵御日本军队的潜在威胁。在执行守备任务期间，邓世昌显示出了坚定果敢的领导风格，他合理调配资源，制定有效的防御策略，成功地遏制了日本侵略者的行动，保护了国家的领土安全。他的表现得到了上级的高度认可，并因此获得保守备的推荐，加上都司衔，以表彰他在保卫边疆斗争中的贡献。
四、数度出洋
1880年初，邓世昌被任命为“飞霆”蚊炮船的管带。这一年，李鸿章为了壮大北洋水师的力量，派遣马建忠前往福建考察和招募海军人才。马建忠在听取了多方意见后，亲自前往邓世昌所在的“飞霆”蚊炮船进行实地考察。他目睹了邓世昌麾下的船只管理井然有序，士兵训练有素，纪律严明。通过多次与邓世昌的交谈，马建忠对邓世昌的专业能力和领导才能给予了高度评价，并将这些情况汇报给了李鸿章。
李鸿章认同马建忠的看法，认为邓世昌是难得的海军人才，遂于同年夏天将邓世昌调至北洋海军，任命他为“镇南”蚊炮船的管带。然而，不久之后，“镇南”舰在巡弋过程中意外触礁，