一。
1863年七月，刘铭传接到命令追击太平天国的余部。洪秀全的儿子洪天贵福在洪仁玕等人的保护下逃往广德，后被太平天国将领黄文金接到湖州。刘铭传率部追击，攻陷了湖州和广德，并在战斗中击毙了黄文金。洪仁玕与洪天贵福最终逃往江西，但不幸被俘，壮烈牺牲。刘铭传因此功绩，被清廷正式任命为直隶提督。至此，年仅28岁的刘铭传已经达到了清朝军队中的高级军衔，成为当时淮军将领中任职最高的人之一
四、镇压捻军
1864年，曾国藩亲自督师剿灭捻军，刘铭传奉令率军由广德北上参与行动。此时，清将僧格林沁正率领精锐骑兵追击捻军，但捻军行动迅速，僧格林沁部疲于奔命。刘铭传的 铭 军 则遵循曾国藩、李鸿章的旨意，保存实力，驻守在六安、霍山一带，并未积极参战。结果，僧格林沁部在追击中遭遇了捻军的埋伏，11万多人马被全歼，僧格林沁本人也毙命。
清廷得知此事后震怒，对曾国藩进行了严厉的申饬，并给刘铭传处以革职留任的处分。然而，刘铭传并未因此气馁，他继续追击捻军，冲过周家口，强渡沙河，最终在宏济桥与捻军赖文光、任化邦、牛洛红等部遭遇。铭军凭借强大的洋炮队火力，对捻军造成了重大杀伤，并于次年三月攻下了黄陂县城。刘铭传因此官复原职，重新获得了清廷的信任。
然而，捻军的势力并未被完全消灭。九月，赖文光部与张宗禹部冲破曾国藩的沙河防线，进军河南中牟，并分为东、西两股捻军。曾国藩的河防战略宣告失败，他因此引咎辞职。清廷随后任命李鸿章接任剿捻重任。
李鸿章上任后，趁机扩充淮军，铭军也得到了迅速的发展，尤其是马营的数量和战马数量大幅增加。铭 军 负责追剿东捻军，经过三年的艰苦战斗，终于在扬州瓦窑铺将东捻军战败。清廷对刘铭传的战功进行了封赏，但刘铭传认为封赏太少，且自己积劳成疾不能坐骑，于是请假回乡养病。
在东捻军垂危之际，西捻军闻讯驰援，直逼天津。清廷惊恐万分，严旨催促刘铭传率军护卫。刘铭传向李鸿章献计，将西捻军引到黄河、运河、徒骇河之间的狭长地带进行决战。铭 军 在西捻军被围后发起猛攻，最终致西捻军全军覆没。刘铭传因此晋爵