复命后，朝廷中的不满情绪达到了高潮。监察御史朱一新上书光绪皇帝，批评派李莲英随行的行为，并指责李莲英结交地方官员，收受贿赂，应当予以查处。然而，朱一新的奏折并未提供具体的证据来支持他的指控。
在此期间，李莲英似乎意识到了自己的处境，表现得相当谨慎。根据维新派人士王照的说法，醇亲王每次接见文武官员时，都会让李莲英在场，目的是为了表明自己没有揽权的意图，并且让李莲英作为见证人。而李莲英本人则谨言慎行，穿着朴素，甚至亲自为醇亲王拿旱烟袋，显示出一种低调的态度。回到住处后，他更是闭门谢客，不与外界接触。
五、朝臣抨击
甲午战争中北洋海军的惨败引发了全国范围内的强烈反响。面对如此巨大的军事失败，人们不敢直接批评慈禧太后，因为批评她等同于挑战皇权，这在当时是极其危险的行为。因此，批评的矛头转向了北洋大臣、直隶总督李鸿章，以及与他相关的其他人物，其中包括李莲英。
在当时的背景下，李莲英作为慈禧身边的重要人物，自然成为了众矢之的。陕西道监察御史恩溥、福建道监察御史安维峻、吏科给事中褚成博等人纷纷上奏，指责北洋海军将领贻误战机，并与总管太监李莲英有不正当的往来。特别是安维峻的奏折中提到，“和议出自皇太后，李莲英 实 左右之”，暗示了李莲英在对日政策决策中的影响。这句话成为了当时抨击李莲英干预朝政的一个重要依据。
然而，安维峻的真实意图其实是希望慈禧不再事事牵制光绪皇帝，并要求严厉处置李鸿章。他在奏折中提及李莲英，只是为了强调宫廷内部存在影响决策的力量，而不是直接针对李莲英个人。慈禧对此反应强烈，以皇帝的名义发布上谕，强调所有国事都必须听从皇太后的旨意。安维峻也因此被以“离间”皇太后与皇帝的罪名革职充军。
朝臣们对李莲英的抨击之所以没有取得实质性成果，主要是因为他们大多基于道听途说的信息，缺乏确凿的证据。清史研究者指出，当时有许多希望在地方上谋取官位的人试图通过李莲英来疏通关系，但是否真的成功影响到了慈禧的决策，却是无人能够确定的事情。毕竟，慈禧的个性喜怒无常，即便是李莲英也不敢轻易插手政事。