义昭的行为已经严重威胁到织田信长的统治，两人的关系逐渐恶化。元龟四年（1573年，同年改元天正）二月，足利义昭号召幕府臣子进入近江（今坚田城）、石山城起兵。明智光秀首次以织田信长的将领身份对战前主足利义昭。在这次战役中，明智光秀展现了他的军事才能和果断的决策能力。
在成功平定志贺郡足利义昭势力，稳住郡内的局势后，明智光秀攻入京都的上京，放火烧毁了支援足利义昭的京内町众屋舍及寺社。这一行动不仅打击了足利义昭的士气，也削弱了他在京都的影响力。最后，在朝廷的仲裁下，双方停战议和。尽管如此，这次战役标志着足利义昭的势力已经大为削弱，织田信长的统治地位更加稳固。
天正元年（1573年），织田信长先后消灭了朝仓、浅井家，进一步巩固了自己的势力范围。织田信长授命明智光秀为朝仓领地的代官，赴越前就任。同年，一向宗发动暴动，进攻越前。织田信长率3万余大军前往越前作战，明智光秀也随即出征。八月十五日夜里，明智光秀攻入龙门城，斩杀了本愿寺教众2000余人。这一行动有效地镇压了一向宗的暴动，维护了织田信长在越前的统治。由于在镇压一向宗暴动中的出色表现，明智光秀受封日向守，并被赐姓“惟任”。
四、平定丹波
天正三年（1575年）六月，织田信长写信给丹波国领主，要求他们配合明智光秀讨伐宇津家和内藤家。九月，明智光秀受命出兵丹波。十一月，明智光秀正式出兵天田郡黑井城。这次出征的目标是平定丹波国内的反叛势力，尤其是宇津家和内藤家。然而，天正四年（1576年）正月十五日，由于盟友波多野秀治的叛变，明智光秀的军队陷入了孤立无援的境地，被迫撤退，于正月二十一日回到了坂本城。这次出征的失败对明智光秀来说是一次沉重的打击，但也让他意识到了在复杂的战场环境中，盟友的可靠性和自身战略的重要性。
尽管初次出征受挫，明智光秀并未气馁。天正五年（1577年），他积极参与了一系列重要的战役，包括今福之战、天王寺之战、杂贺征伐战和信贵山城之战。这些战役不仅锻炼了他的军事才能，也增强了他在织田信长心中的地位。十月十六日，明智光秀再次回到丹波，这一次他更加谨慎