萨大公爵夫人克里斯蒂娜与伽利略的一位朋友和追随者贝内特托·卡斯特利（benedetto castelli）讨论了《圣经》与地球运动的关系。伽利略受此启发，给卡斯特利写了一封信，辩称日心说与《圣经》文本并不矛盾。他认为，《圣经》是信仰和道德的权威，而不是科学的权威。这封信虽然没有出版，但广为流传。
两年后，伽利略给克里斯蒂娜大公爵夫人写了一封更长的信，将先前的论点从八页扩展到四十页。在这封信中，伽利略进一步阐述了他的观点，强调科学和宗教之间的区别。
到1615年，尼古拉·洛里尼神父将伽利略关于日心说的着作提交给罗马宗教裁判所，指控伽利略和他的追随者试图重新解释《圣经》，这被视为违反了特伦特议会的规定，并带有新教的倾向。洛里尼特别引用了伽利略给卡斯特利的信。
1616年初，弗朗切斯科·英戈里（frances goli）向伽利略发送了一篇关于哥白尼体系的论文，提出了反对日心说的十八种物理和数学论证。这篇论文主要借鉴了第谷·布拉赫的观点，特别是关于恒星大小的问题。英戈利认为，日心说中恒星的距离非常大，这“显然证明了……恒星的大小如此之大，因为它们可能超过或等于地球自身轨道的大小”。
1616年2月，宗教裁判所成立了一个调查委员会，审查日心说的科学和神学依据。委员会宣布，日心说是“哲学上的愚蠢和荒谬，由于在许多地方明显地与《圣经》的意义相矛盾，因此是正式的异端”。宗教裁判所进一步裁定，地球运动的思想“在哲学上接受了相同的判断，并且……在神学真理方面……至少在信仰上是错误的”。
这一裁决对伽利略产生了重大影响。尽管他在随后的几年中继续进行科学研究，但他的日心说观点受到了严格限制。1632年，伽利略出版了《关于两个主要世界体系的对话》，再次扞卫日心说，结果被宗教裁判所审判，被迫撤回其观点，并被判处终身软禁。
在1633年，伽利略面临了宗教裁判所的审判，这一事件标志着他与罗马教会关系的彻底破裂。在此之前，尽管教皇乌尔班八世曾要求伽利略在《关于两个主要世界体系的对话》中公正呈现日心说与地心说的争论，并避免