明确支持日心说，但伽利略的着作仍被视为对教会教义构成了挑战。乌尔班八世本人在此前对伽利略抱有友好态度，但随着时间的推移，他逐渐沉迷于宫廷阴谋和国家事务，对可能威胁到自己生命和地位的迫害感到担忧。
在这种背景下，伽利略的敌人以及法院内部的一些人士开始利用教皇的这种不安情绪，将伽利略的问题提上了议程。他们指责伽利略在扞卫教会教义方面无能为力，甚至可能是在暗中破坏教会的权威。乌尔班八世在愤怒和恐惧的驱使下，对伽利略做出了严厉的判决。
伽利略被认定为“强烈怀疑异端的人”，尽管他从未被正式指控为异端，但仍被要求放弃并诅咒那些与圣经相悖的日心说观点。他被判处正式监禁，但随后被减为软禁，这一判决意味着他将余生都生活在罗马教会的严密监视之下。此外，他的《关于两个主要世界体系的对话》被禁止出版，同时教会还禁止他发表任何新的作品。
在软禁期间，伽利略并未放弃对科学的追求。他将自己的时间献给了《两本新科学》的创作，这部着作总结了他四十年来的研究成果，涉及运动学和材料强度等科学领域。尽管这本书在荷兰出版以避开审查，但它仍然得到了广泛的赞誉，包括来自爱因斯坦的高度评价。
伽利略的遭遇反映了当时科学与宗教之间的紧张关系，以及个人在面对强大权力机构时所面临的困境。他的坚持和勇气为后来的科学家树立了榜样，而他的作品则成为了现代物理学的重要基石。尽管他最终未能完全摆脱教会的束缚，但他的科学精神和成就却永远地留在了人类历史的长河中。
三、晚年
伽利略·伽利雷的晚年生活充满了孤独和困苦，但他依然保持着对科学的热爱和对访客的热情。1633年，伽利略被宗教裁判所判处终身软禁，这标志着他自由生活的终结。尽管如此，他仍然在软禁期间完成了《两门新科学》的写作，这本书总结了他在运动学和材料强度领域的研究成果，为后来的科学发展奠定了基础。
1642年，伽利略的健康状况急剧恶化。他长期遭受发烧和心脏病的折磨，最终于1642年1月8日去世，享年77岁。他的去世不仅是一个时代的终结，也是科学史上的一大损失。
托斯卡纳