历山大从现代土耳其地区出发，一路南下征战叙利亚和巴勒斯坦。在小亚细亚，亚历山大采取了相对温和的政策，对当地的希腊城邦免除贡赋，允许自治。因此，许多城邦视他为解放者，纷纷归顺。然而，在米利都和哈利卡尔纳索斯，他遇到了希腊雇佣军的顽强抵抗。经过激烈的战斗，马其顿军最终占领了这两座城市。
前333年，亚历山大占领了整个小亚细亚。同年秋天，他继续向叙利亚北部挺进。此时，波斯国王大流士三世亲自率军迎战，从亚洲腹地征调大军迂回到亚历山大的背后，切断了马其顿军的供应线。前333年11月，亚历山大回身面对大流士的优势兵力，在伊苏斯城附近与波斯军队发生了激战。
大流士三世利用地形优势，摆开阵势，准备以逸待劳。亚历山大则在中路和左翼牵制了波斯的步兵主力，随后集中优势兵力，直捣波斯中军。据记载，大流士三世在亚历山大的攻势下弃车上马，仓皇逃窜。由于主帅脱逃，波斯中军动摇，全军迅速崩溃，几乎被全歼。亚历山大占据了大流士的军营，俘虏了大流士的母亲、妻子和两个女儿。
战后，为了巩固侧翼，防止补给线被波斯人切断，亚历山大没有立即追击，而是回身继续向南征服地中海沿岸的港口城市。许多腓尼基城市不战而降，但岛屿城邦推罗凭借易守难攻的地势，进行了坚决的抵抗。经过7个月的艰苦围攻，亚历山大使用了撞槌、攻城塔、穿城螺旋锥等当时所有先进的攻城武器，终于攻克了这座城市。城破后，推罗居民遭到了残酷的屠杀，8000人阵亡，人被卖为奴隶。
在围攻推罗期间，大流士曾向亚历山大提出媾和，表示愿意割让幼发拉底河以西的领土，赔偿塔兰特，并将自己的一个女儿嫁给亚历山大。然而，亚历山大自称为“全亚洲的统治者”，拒绝了这一提议。
前332年冬天，亚历山大继续南下，征服了加沙，侵入埃及。由于长期遭受波斯人的压迫，波斯在埃及的统治者认为大流士大势已去，仅在两个月的围攻后，波斯驻埃及总督马扎凯斯便主动投降。亚历山大在埃及采取了征服和怀柔相结合的政策，他任命了两名埃及人为政府首脑，而将军事和财政大权交给马其顿人和希腊人掌握。亚历山大特别注意笼络埃及的宗教势力，对祭司大献殷勤，