的那波尼德斯甚至诉诸于扶持新的宗教势力。他相中了南方沙漠边缘地带的新教派，后者的信徒基本上是与迦勒底征服者同出一系的阿拉米人。结果，堂堂巴比伦国王，经常远离自己的王城，委身于西南方的纳巴泰城市。那里是古代乳香贸易的重要中转站，可以为巴比伦提供巨额收入。因此，他不断给那里的神庙捐款，并鼓励当地祭祀在巴比伦之外的很多城市布道。
如果没有外力的强势打断，那波尼德斯的计划可能会收获成功。但掌握财富与关系网的巴比伦土生祭祀们，并不会坐以待毙。他们对那波尼德斯的政策持强烈反对态度，认为他背离了传统的宗教和文化。祭祀阶层的反对不仅削弱了那波尼德斯的统治基础，还加剧了国内的政治动荡。
与此同时，波斯帝国的崛起和居鲁士的军事扩张，使得巴比伦的外部威胁日益增大。居鲁士的军队在短时间内征服了多个强国，迅速扩张了波斯帝国的版图。波斯军队的南下已经成为不可阻挡的趋势。那波尼德斯虽然意识到了这一点，但内部的分裂和外部的压力使他难以集中力量应对波斯的威胁。
公元前540年秋季，居鲁士大帝已经完成了对亚洲各周边区域的战事，并为对巴比伦的战争筹备了大量粮草物资。一支来自五湖四海的部队围绕波斯人的核心力量被征集起来。这些举动显然也逃不过南方巴比伦人的眼线。
经过将近12年的打拼，波斯帝国军队的作战模式在当时基本定型。以步兵起家的本族军队，由大量熟练使用复合弓与投矛的山地步兵组成。这些步兵还配有盾牌、战斧和短剑，帮助进行肉搏。在战场上，这些波斯步兵习惯于组成10人纵深的方阵横队，前5名士兵负责肉搏，后5名士兵进行投射掩护。与他们装备类似的米底人、希尔卡尼人通常布置在其左右。希腊人和亚述人重步兵则成为重要的近战补充。
相比之下，波斯骑兵的数量不多，战斗力也不算强。居鲁士军队中的骑兵主要由米底人和更为北方的游牧部落来担任。他们受斯基泰骑兵影响，广泛装备了致命的草原复合弓。精英骑兵则装备全套护甲，并会给自己的战马也配备当胸一类的护具。他们既可以用长矛和战斧近战，也可以投掷标枪并弯弓射箭。这是南方巴比伦人军中所没有的重要军事力量。