将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。
后在涉泽的努力下，东京迅速重建。
1927年，日本首列地铁即将开通，加藤再次放出的魔物妨害了这项工程。
主持官员寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。
不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
这次更加可怕，加藤保宪竟然暗中在东京地下刻画巨大魔阵，借助八岐地脉之力，加持平将门怨力，意图牵引月球，来个星球大碰撞，彻底毁灭世界！
最终日暮神社的日暮惠子在花开院清明的配合下，斩杀百鬼，觉醒神力，牺牲自己，将加藤保宪及平将门怨气净化，终结了灭世危机。
但在那之后，阴阳师的灵力开始减弱，念力超凡者崛起，主导大势。
残存下来的花开院清明为防八岐魔气死灰复燃，附体他人再度作恶，设下牺牲封印法阵，交由政府新组建的超能组织，新卫组镇压封印。
相良诹一问道：“我听说你们的总队长和二番队藤宫队长固定在某个地方不能离开，是他们在看守？”
上衫源道：“是山中总长在镇压。”
野上冴子邹眉：“背叛的是他？”
上衫源苦涩道：“我甚至不知道他是什么时候变质的，明明早该明白，镇压八岐魔气的危险性。”
相良诹一道：“为什么不请哪位花开院家阴阳师来看看？死了？后人有吧？”
上衫源道：“他倒是还活着，但最近想找他，他却是避而不见，对我们新卫组避如蛇蝎。”
相良诹一又道：“那日暮神社呢？我记得白川玲子小姐还是斋藤队长的女朋友。”
“……”
上衫源沉默不语。
野上冴子感觉不对，问道：“怎么了？”
上衫源道：“白川小姐也失踪了，就在日暮神社里，无故失踪。”
“呃……”
相良诹一惊愕道：“不会吧？斋藤队长知道吗？”
上衫源摇头道：“斋藤还在闭死关准备圣剑大会，除了明神，没人会拿这事骚扰他，但是明神现在也不知道躲哪里修行去了。”
说着，两人同时看向相良