当杨叶（尼奥）刚刚被解救出来的时候，狄龙（墨菲斯）告诉了他世界的真相。
人类文明早已毁灭，他从前不过是生活在一个虚拟的矩阵之中。
现在的人类，不过是机器人种植的作物。
而机器人种植人类，是为了利用人体生物电作为能源。
一个活生生的人，在机器人的眼里，不过是一节电池而已。
这让狄龙感到忿怒，所以他一定要反抗。
现在杨叶知道了，狄龙所谓的真相，不过是一个叫“先知”程序为觉醒的人类编织的谎言而已。
机器人并不是简单地拿人类当燃料用，那也太浪费了。
机器人设计矩阵，是为了研究人类文明，帮助机器文明进化。
从矩阵中逃出来的人，以为自己生活在自由世界。
其实他们所在的“瀛洲”，并不是什么人类反抗机器帝国的基地。
不过是机器人为了维护矩阵的稳定，给他们造出来的而已。
机器人把不安分的人类聚集在瀛洲，为他们编织了一个救世主的谎言。
让他们不要过度反抗，而寄希望于救世主的拯救。
一旦人类的数量达到可以威胁机器帝国的地步，机器帝国就派遣机器人大军，消灭瀛洲中的人类。
而所谓的救世主，实际上就是矩阵中无数个系统异常的集合。
设计师无法清除它，于是就把它作为一个帮助矩阵升级的工具。
一旦救世主出现，就意味着系统该升级了，而瀛洲也要被摧毁了。
在杨叶出现之前，矩阵已经迭代了五次。
也就是说，瀛洲中的人类，已经被毁灭了五次。
杨叶这一次，是第六次。
先知让杨叶进入源头，是让为了让他帮助矩阵升级。
作为回报，他可以从矩阵中带走16女7男，重建瀛洲。
为什么是16女7男呢？这是可以保证人类后代基因的最小数量。
如果杨叶不配合的话，那么矩阵就会毁灭，矩阵中所有的人类都会死亡，瀛洲照样会被机器人大军摧毁。
这就意味着，人类从此灭亡，大家同归于尽。